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タイトルThe NAD-mediated self-inhibition mechanism of pro-neurodegenerative SARM1.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 588, Issue 7839, Page 658-663, Year 2020
掲載日2020年10月14日
著者Yuefeng Jiang / Tingting Liu / Chia-Hsueh Lee / Qing Chang / Jing Yang / Zhe Zhang /
PubMed 要旨Pathological degeneration of axons disrupts neural circuits and represents one of the hallmarks of neurodegeneration. Sterile alpha and Toll/interleukin-1 receptor motif-containing protein 1 (SARM1) ...Pathological degeneration of axons disrupts neural circuits and represents one of the hallmarks of neurodegeneration. Sterile alpha and Toll/interleukin-1 receptor motif-containing protein 1 (SARM1) is a central regulator of this neurodegenerative process, and its Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain exerts its pro-neurodegenerative action through NADase activity. However, the mechanisms by which the activation of SARM1 is stringently controlled are unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structures of full-length SARM1 proteins. We show that NAD is an unexpected ligand of the armadillo/heat repeat motifs (ARM) domain of SARM1. This binding of NAD to the ARM domain facilitated the inhibition of the TIR-domain NADase through the domain interface. Disruption of the NAD-binding site or the ARM-TIR interaction caused constitutive activation of SARM1 and thereby led to axonal degeneration. These findings suggest that NAD mediates self-inhibition of this central pro-neurodegenerative protein.
リンクNature / PubMed:33053563
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.0 Å
構造データ

30401

7cm5

EMDB-30401, PDB-7cm5:
Full-length Sarm1 in a self-inhibited state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

30402

7cm6

EMDB-30402, PDB-7cm6:
NAD+-bound Sarm1 in the self-inhibited state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

30403

7cm7

EMDB-30403, PDB-7cm7:
NAD+-bound Sarm1 E642A in the self-inhibited state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NADase / ARM / SAM / TIR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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