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タイトルStructural Insights into Transcription Initiation from De Novo RNA Synthesis to Transitioning into Elongation.
ジャーナル・号・ページIscience, Vol. 23, Page 101445-101445, Year 2020
掲載日2019年10月30日 (構造データの登録日)
著者Zuo, Y. / De, S. / Feng, Y. / Steitz, T.A.
リンクIscience / PubMed:32829286
手法X線回折
解像度3.45 - 5.403 Å
構造データ

PDB-6utv:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Fresh" crystal soaked with CTP, UTP, GTP, and ddATP for 150 seconds)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.45 Å

PDB-6utw:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA ("Fresh" crystal)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.854 Å

PDB-6utx:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with an empty bubble ("Old" crystal)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.05 Å

PDB-6uty:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching CTP ("Old" crystal soaked with CTP for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.15 Å

PDB-6utz:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Fresh" crystal soaked with CTP and UTP for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.803 Å

PDB-6uu0:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA and a mismatching GTP ("Fresh" crystal soaked with GTP for 1 hour)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.9 Å

PDB-6uu1:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a CTP ("Fresh" crystal soaked with CTP, GTP, and ddTTP for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.097 Å

PDB-6uu2:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with 3-nt RNA ("Old" crystal soaked with GTP and ATP for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.404 Å

PDB-6uu3:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a CTP ("Old" crystal soaked with GTP, ATP, CTP, and ddTTP for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.002 Å

PDB-6uu4:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA ("old" crystal soaked with GTP and dinucleotide GpA for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.305 Å

PDB-6uu5:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Old" crystal soaked with GTP, UTP, CTP, and dinucleotide GpA for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 5.403 Å

PDB-6uu6:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a UTP ("Old" crystal soaked with UTP, ddCTP, and dinucleotide ApG for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.201 Å

PDB-6uu7:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA and an NTP ("Old" crystal soaked with UTP, CTP, ddGTP, and dinucleotide ApG for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.4 Å

PDB-6uu8:
E. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with a 7-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, and CTP for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.4 Å

PDB-6uu9:
E. coli mutant sigma-S transcription initiation complex with an 8-nt RNA ("Fresh" mutant crystal soaked with GTP, UTP, CTP, and ddATP for 30 minutes)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 5.4 Å

PDB-6uua:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching CTP ("Fresh" crystal soaked with CTP for 2 hours)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.002 Å

PDB-6uub:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching UTP ("Fresh" crystal soaked with UTP for 2 hours)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.955 Å

PDB-6uuc:
E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA and a mismatching ATP ("Fresh" crystal soaked with ATP for 2 hours)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.096 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-DPO:
DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト / ピロリン酸塩

ChemComp-CTP:
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP / シチジン三リン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-D4M:
[(5R)-5-(5-METHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-2,5-DIHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / D4T-MP

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM / ウリジン三リン酸

ChemComp-DG3:
2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddGTP

ChemComp-2DA:
2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ddAMP

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE/DNA/RNA / Transcription initiation (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / DNA promoter / transcription bubble / de novo RNA synthesis / DNA scrunching / sigma-S factor / TRANSFERASE-DNA-RNA complex / TRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA complex / TRANSFERASE/RNA / TRANSFERASE-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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