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Structure paper

タイトルStructural basis for Fullerene geometry in a human endogenous retrovirus capsid.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 5822, Year 2019
掲載日2019年12月20日
著者Oliver Acton / Tim Grant / Giuseppe Nicastro / Neil J Ball / David C Goldstone / Laura E Robertson / Kasim Sader / Andrea Nans / Andres Ramos / Jonathan P Stoye / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal /
PubMed 要旨The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames ...The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames and provirus expression together with HML2 particle formation are observed in early stage human embryo development and are associated with pluripotency as well as inflammatory disease, cancers and HIV-1 infection. Here, we reconstruct the core structural protein (CA) of an HML2 retrovirus, assemble particles in vitro and employ single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of four classes of CA Fullerene shell assemblies. These icosahedral and capsular assemblies reveal at high-resolution the molecular interactions that allow CA to form both pentamers and hexamers and show how invariant pentamers and structurally plastic hexamers associate to form the unique polyhedral structures found in retroviral cores.
リンクNat Commun / PubMed:31862888 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折 / NMR (溶液)
解像度1.8 - 4.34 Å
構造データ

10295

6ssj

EMDB-10295, PDB-6ssj:
Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, T=1 icosahedron
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

10296

6ssk

EMDB-10296, PDB-6ssk:
Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D5 capsule
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

10297

6ssl

EMDB-10297, PDB-6ssl:
Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, D6 capsule
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.77 Å

10298

6ssm

EMDB-10298, PDB-6ssm:
Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, T=3 icosahedron
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.34 Å

PDB-6sa9:
Endogenous Retrovirus HML2 Capsid NTD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-6sai:
NMR solution structure of Hml-2 C-terminal dimer domain
手法: SOLUTION NMR

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human endogenous retrovirus k (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / HML2 HERV-K Endogenous Retrovirus Capsid CA / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Human-endogenous-retroviruses / Retroviridae / Ortervirales. / Mature retrovirus capsid assembly

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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