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Structure paper

タイトルHigh-resolution structures of HIV-1 Gag cleavage mutants determine structural switch for virus maturation.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 115, Issue 40, Page E9401-E9410, Year 2018
掲載日2018年10月2日
著者Simone Mattei / Aaron Tan / Bärbel Glass / Barbara Müller / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
PubMed 要旨HIV-1 maturation occurs via multiple proteolytic cleavages of the Gag polyprotein, causing rearrangement of the virus particle required for infectivity. Cleavage results in beta-hairpin formation at ...HIV-1 maturation occurs via multiple proteolytic cleavages of the Gag polyprotein, causing rearrangement of the virus particle required for infectivity. Cleavage results in beta-hairpin formation at the N terminus of the CA (capsid) protein and loss of a six-helix bundle formed by the C terminus of CA and the neighboring SP1 peptide. How individual cleavages contribute to changes in protein structure and interactions, and how the mature, conical capsid forms, are poorly understood. Here, we employed cryoelectron tomography to determine morphology and high-resolution CA lattice structures for HIV-1 derivatives in which Gag cleavage sites are mutated. These analyses prompt us to revise current models for the crucial maturation switch. Unlike previously proposed, cleavage on either terminus of CA was sufficient, in principle, for lattice maturation, while complete processing was needed for conical capsid formation. We conclude that destabilization of the six-helix bundle, rather than beta-hairpin formation, represents the main determinant of structural maturation.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:30217893 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度3.7 - 24.0 Å
構造データ

EMDB-0164:
Immature CA domain from HIV-1 MA-SP1 Gag proteolytic cleavage mutant virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-0165:
Immature CA domain from HIV-1 MA-CA Gag proteolytic cleavage mutant virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-0166:
Immature CA domain from HIV-1 CA-NC Gag proteolytic cleavage mutant virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-0167:
Mature CA domain hexamer from HIV-1 MA-CA Gag proteolytic cleavage mutant virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-0168:
Mature CA domain hexamer from HIV-1 CA-NC Gag proteolytic cleavage mutant virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-0169:
Mature CA domain hexamer from HIV-1 CA-SP1 Gag proteolytic cleavage mutant virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-0170:
Mature CA domain pentamer from HIV-1 CA-NC Gag proteolytic cleavage mutant virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-0171:
Mature CA domain pentamer from HIV-1 CA-SP1 Gag proteolytic cleavage mutant virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-13079:
Representative cryo-electron tomogram of HIV-1 MA-SP1 particles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13080:
Representative cryo-electron tomogram of HIV-1 MA-CA particles
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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