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タイトルComplete functional mapping of infection- and vaccine-elicited antibodies against the fusion peptide of HIV.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 14, Issue 7, Page e1007159, Year 2018
掲載日2018年7月5日
著者Adam S Dingens / Priyamvada Acharya / Hugh K Haddox / Reda Rawi / Kai Xu / Gwo-Yu Chuang / Hui Wei / Baoshan Zhang / John R Mascola / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Julie Overbaugh / Peter D Kwong / Jesse D Bloom /
PubMed 要旨Eliciting broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting envelope (Env) is a major goal of HIV vaccine development, but cross-clade breadth from immunization has only sporadically been observed. ...Eliciting broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting envelope (Env) is a major goal of HIV vaccine development, but cross-clade breadth from immunization has only sporadically been observed. Recently, Xu et al (2018) elicited cross-reactive neutralizing antibody responses in a variety of animal models using immunogens based on the epitope of bnAb VRC34.01. The VRC34.01 antibody, which was elicited by natural human infection, targets the N terminus of the Env fusion peptide, a critical component of the virus entry machinery. Here we precisely characterize the functional epitopes of VRC34.01 and two vaccine-elicited murine antibodies by mapping all single amino-acid mutations to the BG505 Env that affect viral neutralization. While escape from VRC34.01 occurred via mutations in both fusion peptide and distal interacting sites of the Env trimer, escape from the vaccine-elicited antibodies was mediated predominantly by mutations in the fusion peptide. Cryo-electron microscopy of four vaccine-elicited antibodies in complex with Env trimer revealed focused recognition of the fusion peptide and provided a structural basis for development of neutralization breadth. Together, these functional and structural data suggest that the breadth of vaccine-elicited antibodies targeting the fusion peptide can be enhanced by specific interactions with additional portions of Env. Thus, our complete maps of viral escape both delineate pathways of resistance to these fusion peptide-directed antibodies and provide a strategy to improve the breadth or potency of future vaccine-induced antibodies against Env's fusion peptide.
リンクPLoS Pathog / PubMed:29975771 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 Å
構造データ

7621

6cue

EMDB-7621, PDB-6cue:
Cryo-EM structure at 4.0 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP7.04 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

7622

6cuf

EMDB-7622, PDB-6cuf:
Cryo-EM structure at 4.2 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP1.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 Env / BG505 SOSIP / fusion peptide (膜融合タンパク質) / VRC03 / PGT122 / vFP7.04

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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