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タイトルShigella Phages Isolated during a Dysentery Outbreak Reveal Uncommon Structures and Broad Species Diversity.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 92, Issue 8, Year 2018
掲載日2018年4月15日
著者Sarah M Doore / Jason R Schrad / William F Dean / John A Dover / Kristin N Parent /
PubMed 要旨In 2016, Michigan experienced the largest outbreak of shigellosis, a type of bacillary dysentery caused by spp., since 1988. Following this outbreak, we isolated 16 novel -infecting bacteriophages ...In 2016, Michigan experienced the largest outbreak of shigellosis, a type of bacillary dysentery caused by spp., since 1988. Following this outbreak, we isolated 16 novel -infecting bacteriophages (viruses that infect bacteria) from environmental water sources. Most well-known bacteriophages infect the common laboratory species and , and these phages have built the foundation of molecular and bacteriophage biology. Until now, comparatively few bacteriophages were known to infect spp., which are close relatives of We present a comprehensive analysis of these phages' host ranges, genomes, and structures, revealing genome sizes and capsid properties that are shared by very few previously described phages. After sequencing, a majority of the phages were found to have genomes of an uncommon size, shared by only 2% of all reported phage genomes. To investigate the structural implications of this unusual genome size, we used cryo-electron microscopy to resolve their capsid structures. We determined that these bacteriophage capsids have similarly uncommon geometry. Only two other viruses with this capsid structure have been described. Since most well-known bacteriophages infect or , our understanding of bacteriophages has been limited to a subset of well-described systems. Continuing to isolate phages using nontraditional strains of bacteria can fill gaps that currently exist in bacteriophage biology. In addition, the prevalence of phages during a shigellosis outbreak may suggest a potential impact of human health epidemics on local microbial communities. spp. bacteria are causative agents of dysentery and affect more than 164 million people worldwide every year. Despite the need to combat antibiotic-resistant strains, relatively few -infecting bacteriophages have been described. By specifically looking for -infecting phages, this work has identified new isolates that (i) may be useful to combat infections and (ii) fill gaps in our knowledge of bacteriophage biology. The rare qualities of these new isolates emphasize the importance of isolating phages on "nontraditional" laboratory strains of bacteria to more fully understand both the basic biology and diversity of bacteriophages.
リンクJ Virol / PubMed:29437962 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度15.2 Å
構造データ

EMDB-8869:
Bacteriophage Sf14 Capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.2 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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