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タイトルStructural basis of MsbA-mediated lipopolysaccharide transport.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 549, Issue 7671, Page 233-237, Year 2017
掲載日2017年9月14日
著者Wei Mi / Yanyan Li / Sung Hwan Yoon / Robert K Ernst / Thomas Walz / Maofu Liao /
PubMed 要旨Lipopolysaccharide (LPS) in the outer membrane of Gram-negative bacteria is critical for the assembly of their cell envelopes. LPS synthesized in the cytoplasmic leaflet of the inner membrane is ...Lipopolysaccharide (LPS) in the outer membrane of Gram-negative bacteria is critical for the assembly of their cell envelopes. LPS synthesized in the cytoplasmic leaflet of the inner membrane is flipped to the periplasmic leaflet by MsbA, an ATP-binding cassette transporter. Despite substantial efforts, the structural mechanisms underlying MsbA-driven LPS flipping remain elusive. Here we use single-particle cryo-electron microscopy to elucidate the structures of lipid-nanodisc-embedded MsbA in three functional states. The 4.2 Å-resolution structure of the transmembrane domains of nucleotide-free MsbA reveals that LPS binds deep inside MsbA at the height of the periplasmic leaflet, establishing extensive hydrophilic and hydrophobic interactions with MsbA. Two sub-nanometre-resolution structures of MsbA with ADP-vanadate and ADP reveal an unprecedented closed and an inward-facing conformation, respectively. Our study uncovers the structural basis for LPS recognition, delineates the conformational transitions of MsbA to flip LPS, and paves the way for structural characterization of other lipid flippases.
リンクNature / PubMed:28869968 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.2 - 6.9 Å
構造データ

EMDB-8465:
3D cryo-EM reconstruction of MsbA-nanodisc with ADP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

8467

5ttp

EMDB-8467, PDB-5ttp:
Cryo-EM structure of MsbA-nanodisc with ADP-vanadate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

8469

5tv4

EMDB-8469, PDB-5tv4:
3D cryo-EM reconstruction of nucleotide-free MsbA in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-8669:
CryoEM map of MsbA in POPG nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-8670:
CryoEM map of MsbA with lipid A in POPG nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8671:
CryoEM map of MsbA in POPC nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-FTT:
3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸

ChemComp-DAO:
LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ABC transporter / LPS / flippase / nanodisc

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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