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Structure paper

タイトルNear-atomic resolution visualization of human transcription promoter opening.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 533, Issue 7603, Page 359-365, Year 2016
掲載日2016年5月19日
著者Yuan He / Chunli Yan / Jie Fang / Carla Inouye / Robert Tjian / Ivaylo Ivanov / Eva Nogales /
PubMed 要旨In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the ...In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the start site for transcription by RNA polymerase II. Here we use cryo-electron microscropy (cryo-EM) to determine near-atomic resolution structures of the human PIC in a closed state (engaged with duplex DNA), an open state (engaged with a transcription bubble), and an initially transcribing complex (containing six base pairs of DNA-RNA hybrid). Our studies provide structures for previously uncharacterized components of the PIC, such as TFIIE and TFIIH, and segments of TFIIA, TFIIB and TFIIF. Comparison of the different structures reveals the sequential conformational changes that accompany the transition from each state to the next throughout the transcription initiation process. This analysis illustrates the key role of TFIIB in transcription bubble stabilization and provides strong structural support for a translocase activity of XPB.
リンクNature / PubMed:27193682 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 10.0 Å
構造データ

8131

5ivw

EMDB-8131, PDB-5ivw:
Human core TFIIH bound to DNA within the PIC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

8132

5iy7

EMDB-8132, PDB-5iy7:
Human holo-PIC in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

8133

5iy8

EMDB-8133, PDB-5iy8:
Human holo-PIC in the initial transcribing state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

8134

5iy9

EMDB-8134, PDB-5iy9:
Human holo-PIC in the initial transcribing state (no IIS)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

8135

5iya

EMDB-8135, PDB-5iya:
Human core-PIC in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

8136

5iyb

EMDB-8136, PDB-5iyb:
Human core-PIC in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

8137

5iyc

EMDB-8137, PDB-5iyc:
Human core-PIC in the initial transcribing state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

8138

5iyd

EMDB-8138, PDB-5iyd:
Human core-PIC in the initial transcribing state (no IIS)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 7.2 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / initiation / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / human (ヒト) / TRANSCRIPTION-DNA complex / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA complex / TRANSFERASE/DNA/RNA / TRANSFERASE-DNA-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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