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タイトルArchitecture of the type IVa pilus machine.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 351, Issue 6278, Page aad2001, Year 2016
掲載日2016年3月11日
著者Yi-Wei Chang / Lee A Rettberg / Anke Treuner-Lange / Janet Iwasa / Lotte Søgaard-Andersen / Grant J Jensen /
PubMed 要旨Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of ...Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of intact Myxococcus xanthus cells to visualize type IVa pili and the protein machine that assembles and retracts them (the type IVa pilus machine, or T4PM) in situ, in both the piliated and nonpiliated states, at a resolution of 3 to 4 nanometers. We found that T4PM comprises an outer membrane pore, four interconnected ring structures in the periplasm and cytoplasm, a cytoplasmic disc and dome, and a periplasmic stem. By systematically imaging mutants lacking defined T4PM proteins or with individual proteins fused to tags, we mapped the locations of all 10 T4PM core components and the minor pilins, thereby providing insights into pilus assembly, structure, and function.
リンクScience / PubMed:26965631 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
構造データ

3247

3jc8

EMDB-3247: Subtomogram average of a piliated type IVa pilus machine in wild-type Myxococcus xanthus cells
PDB-3jc8: Architectural model of the type IVa pilus machine in a piliated state
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3248:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in wild-type Myxococcus xanthus cells
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3249:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilP knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3250:
Subtomogram average of a piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with PilP tagged with a superfolder GFP
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3251:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with PilP tagged with a superfolder GFP
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3252:
Subtomogram average of a piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with tsaP knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3253:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with tsaP knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3254:
Subtomogram average of a piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with PilO tagged with a superfolder GFP
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3255:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with PilO tagged with a superfolder GFP
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3256:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilC knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3257:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilA knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3258:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilV/pilW/fimU knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3259:
Subtomogram average of a piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilT knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

3260

3jc9

EMDB-3260: Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilB knockout
PDB-3jc9: Architectural model of the type IVa pilus machine in a non-piliated state
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3261:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilB/pilT knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3262:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilM knockout
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3263:
Subtomogram average of a piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilQ 25-300 residues truncated
手法: EM (サブトモグラム平均)

EMDB-3264:
Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilQ 25-300 residues truncated
手法: EM (サブトモグラム平均)

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

由来
  • Myxococcus xanthus (バクテリア)
  • myxococcus xanthus dk 1622 (バクテリア)
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / motor (機関 (機械)) / pilus (性繊毛) / ring / membrane channel (膜チャネル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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