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タイトルStructure-based energetics of protein interfaces guides foot-and-mouth disease virus vaccine design.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 22, Issue 10, Page 788-794, Year 2015
掲載日2015年9月21日
著者Abhay Kotecha / Julian Seago / Katherine Scott / Alison Burman / Silvia Loureiro / Jingshan Ren / Claudine Porta / Helen M Ginn / Terry Jackson / Eva Perez-Martin / C Alistair Siebert / Guntram Paul / Juha T Huiskonen / Ian M Jones / Robert M Esnouf / Elizabeth E Fry / Francois F Maree / Bryan Charleston / David I Stuart /
PubMed 要旨Virus capsids are primed for disassembly, yet capsid integrity is key to generating a protective immune response. Foot-and-mouth disease virus (FMDV) capsids comprise identical pentameric protein ...Virus capsids are primed for disassembly, yet capsid integrity is key to generating a protective immune response. Foot-and-mouth disease virus (FMDV) capsids comprise identical pentameric protein subunits held together by tenuous noncovalent interactions and are often unstable. Chemically inactivated or recombinant empty capsids, which could form the basis of future vaccines, are even less stable than live virus. Here we devised a computational method to assess the relative stability of protein-protein interfaces and used it to design improved candidate vaccines for two poorly stable, but globally important, serotypes of FMDV: O and SAT2. We used a restrained molecular dynamics strategy to rank mutations predicted to strengthen the pentamer interfaces and applied the results to produce stabilized capsids. Structural analyses and stability assays confirmed the predictions, and vaccinated animals generated improved neutralizing-antibody responses to stabilized particles compared to parental viruses and wild-type capsids.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:26389739 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.4 - 3.5 Å
構造データ

3129

5ac9

EMDB-3129: Structure-based energetics of protein interfaces guide FMDV vaccine design
PDB-5ac9: Structure-based energetics of protein interfaces guide Foot-and-Mouth disease virus vaccine design
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

3130

5aca

EMDB-3130: Structure-based energetics of protein interfaces guide FMDV vaccine design
PDB-5aca: Structure-based energetics of protein interfaces guide Foot-and-Mouth disease virus vaccine design
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

PDB-5d8a:
Crystal structure of recombinant foot-and-mouth-disease virus A22-H2093F empty capsid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-5ddj:
Crystal structure of recombinant foot-and-mouth-disease virus O1M-S2093Y empty capsid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • foot-and-mouth disease virus - type o (口蹄疫ウイルス)
  • foot-and-mouth disease virus - type sat 2 (口蹄疫ウイルス)
  • foot-and-mouth disease virus - type a (口蹄疫ウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / VACCINE (ワクチン) / FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (口蹄疫ウイルス) / FMDV (口蹄疫ウイルス) / picornavirus (ピコルナウイルス科) / aphthovirus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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