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Structure paper

タイトルStructures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and nonrotated conformations.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 22, Issue 8, Page 1210-1218, Year 2014
掲載日2014年8月5日
著者Egor Svidritskiy / Axel F Brilot / Cha San Koh / Nikolaus Grigorieff / Andrei A Korostelev /
PubMed 要旨The structural understanding of eukaryotic translation lags behind that of translation on bacterial ribosomes. Here, we present two subnanometer resolution structures of S. cerevisiae 80S ribosome ...The structural understanding of eukaryotic translation lags behind that of translation on bacterial ribosomes. Here, we present two subnanometer resolution structures of S. cerevisiae 80S ribosome complexes formed with either one or two tRNAs and bound in response to an mRNA fragment containing the Kozak consensus sequence. The ribosomes adopt two globally different conformations that are related to each other by the rotation of the small subunit. Comparison with bacterial ribosome complexes reveals that the global structures and modes of intersubunit rotation of the yeast ribosome differ significantly from those in the bacterial counterpart, most notably in the regions involving the tRNA, small ribosomal subunit, and conserved helix 69 of the large ribosomal subunit. The structures provide insight into ribosome dynamics implicated in tRNA translocation and help elucidate the role of the Kozak fragment in positioning an open reading frame during translation initiation in eukaryotes.
リンクStructure / PubMed:25043550 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.2 - 6.3 Å
構造データ

5976

3j77

EMDB-5976: Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class II - 1 tRNA in rotated conformation)
PDB-3j77: Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class II - rotated ribosome with 1 tRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

5977

3j78

EMDB-5977: Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class I - 2 tRNA in non-rotated conformation)
PDB-3j78: Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class I - non-rotated ribosome with 2 tRNAs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 80S ribosome / Kozak sequence (コザック配列) / translation (翻訳 (生物学)) / tRNA (転移RNA) / hybrid-state / classical-state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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