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タイトルPre-initiation and elongation structures of full-length La Crosse virus polymerase reveal functionally important conformational changes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 3590, Year 2020
掲載日2020年7月17日
著者Benoît Arragain / Grégory Effantin / Piotr Gerlach / Juan Reguera / Guy Schoehn / Stephen Cusack / Hélène Malet /
PubMed 要旨Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and ...Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and transcription of the RNA genome constitute essential processes performed by the virally encoded multi-domain RNA-dependent RNA polymerase. Here, we describe the complete high-resolution cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase. It reveals the presence of key protruding C-terminal domains, notably the cap-binding domain, which undergoes large movements related to its role in transcription initiation, and a zinc-binding domain that displays a fold not previously observed. We capture the polymerase structure at pre-initiation and elongation states, uncovering the coordinated movement of the priming loop, mid-thumb ring linker and lid domain required for the establishment of a ten-base-pair template-product RNA duplex before strand separation into respective exit tunnels. These structural details and the observed dynamics of key functional elements will be instrumental for structure-based development of polymerase inhibitors.
リンクNat Commun / PubMed:32681014 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.02 - 3.961 Å
構造データ

EMDB-11093: Cryo-EM map of La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
PDB-6z6g: Cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-11095:
Masked cryo-EM map of La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

EMDB-11107:
Masked cryo-EM map of La Crosse virus polymerase zinc-binding domain and mid domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-11118, PDB-6z8k:
La Crosse virus polymerase at elongation mimicking stage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

PDB-6z6b:
Structure of full-length La Crosse virus L protein (polymerase)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.961 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • bunyavirus la crosse (ウイルス)
  • la crosse orthobunyavirus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase / REPLICATION / viral polymerase / transcription / polymerase / La Crosse virus

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

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