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タイトルCryo-EM reveals active site coordination within a multienzyme pre-rRNA processing complex.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 9, Page 830-839, Year 2019
掲載日2019年9月5日
著者Monica C Pillon / Allen L Hsu / Juno M Krahn / Jason G Williams / Kevin H Goslen / Mack Sobhany / Mario J Borgnia / Robin E Stanley /
PubMed 要旨Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The ...Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The endoribonuclease (RNase) Las1 and the polynucleotide kinase (PNK) Grc3 assemble into a multienzyme complex, herein designated RNase PNK, to orchestrate processing of precursor ribosomal RNA (rRNA). RNase PNK belongs to the functionally diverse HEPN nuclease superfamily, whose members rely on distinct cues for nuclease activation. To establish how RNase PNK coordinates its dual enzymatic activities, we solved a series of cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RNase PNK in multiple conformational states. The structures reveal that RNase PNK adopts a butterfly-like architecture, harboring a composite HEPN nuclease active site flanked by discrete RNA kinase sites. We identify two molecular switches that coordinate nuclease and kinase function. Together, our structures and corresponding functional studies establish a new mechanism of HEPN nuclease activation essential for ribosome production.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31488907 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 Å
構造データ

EMDB-20040, PDB-6of2:
Precursor ribosomal RNA processing complex, State 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-20041, PDB-6of3:
Precursor ribosomal RNA processing complex, State 1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3 Å

EMDB-20042, PDB-6of4:
Precursor ribosomal RNA processing complex, apo-state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン / マグネシウム

由来
  • Chaetomium thermophilum (菌類)
  • chaetomium thermophilum (strain dsm 1495 / cbs 144.50 / imi 039719) (菌類)
キーワードCatalytic Domain (助触媒) / Chaetomium (ケタマカビ) / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / Fungal Proteins (菌類) / Multienzyme Complexes / Protein Conformation / RNA Precursors / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Complex / Ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / Polynucleotide kinase

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

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