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タイトルCryo-EM reveals active site coordination within a multienzyme pre-rRNA processing complex.
ジャーナル・号・ページNat. Struct. Mol. Biol., Vol. 26, Issue 9, Page 830-839, Year 2019
掲載日2019年9月5日
著者Monica C Pillon / Allen L Hsu / Juno M Krahn / Jason G Williams / Kevin H Goslen / Mack Sobhany / Mario J Borgnia / Robin E Stanley /
PubMed 要旨Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The ...Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The endoribonuclease (RNase) Las1 and the polynucleotide kinase (PNK) Grc3 assemble into a multienzyme complex, herein designated RNase PNK, to orchestrate processing of precursor ribosomal RNA (rRNA). RNase PNK belongs to the functionally diverse HEPN nuclease superfamily, whose members rely on distinct cues for nuclease activation. To establish how RNase PNK coordinates its dual enzymatic activities, we solved a series of cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RNase PNK in multiple conformational states. The structures reveal that RNase PNK adopts a butterfly-like architecture, harboring a composite HEPN nuclease active site flanked by discrete RNA kinase sites. We identify two molecular switches that coordinate nuclease and kinase function. Together, our structures and corresponding functional studies establish a new mechanism of HEPN nuclease activation essential for ribosome production.
リンクPubMed:31488907 / Publisher's page
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Complex / Ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / Polynucleotide kinase
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 A
構造データ

EMDB-20040:
Precursor ribosomal RNA processing complex, State 2.

EMDB-20041:
Precursor ribosomal RNA processing complex, State 1.

EMDB-20042:
Precursor ribosomal RNA processing complex, apo-state.

PDB-6of2:
Precursor ribosomal RNA processing complex, State 2.

PDB-6of3:
Precursor ribosomal RNA processing complex, State 1.

PDB-6of4:
Precursor ribosomal RNA processing complex, apo-state.

化合物

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

ChemComp-MG:
MAGNESIUM IONマグネシウム

由来
  • Chaetomium thermophilum (菌類)
  • chaetomium thermophilum (strain dsm 1495 / cbs 144.50 / imi 039719) (菌類)

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

  • EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。Excelなどでダウンロードしたデータを読み込むことができます。
    ページデータフォーマット
    EM Navigator 検索検索結果 CSV, TSV, JSON
    EM Navigarot 統計情報表データCSV, TSV

関連情報: EMN検索 / EMN統計情報

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法（いわゆるクライオ電顕法）を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報: EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は？ / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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