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Structure paper

タイトルStructural basis for transcription antitermination at bacterial intrinsic terminator.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 3048, Year 2019
掲載日2019年7月11日
著者Linlin You / Jing Shi / Liqiang Shen / Lingting Li / Chengli Fang / Chengzhi Yu / Wenbo Cheng / Yu Feng / Yu Zhang /
PubMed 要旨Bacteriophages typically hijack the host bacterial transcriptional machinery to regulate their own gene expression and that of the host bacteria. The structural basis for bacteriophage protein- ...Bacteriophages typically hijack the host bacterial transcriptional machinery to regulate their own gene expression and that of the host bacteria. The structural basis for bacteriophage protein-mediated transcription regulation-in particular transcription antitermination-is largely unknown. Here we report the 3.4 Å and 4.0 Å cryo-EM structures of two bacterial transcription elongation complexes (P7-NusA-TEC and P7-TEC) comprising the bacteriophage protein P7, a master host-transcription regulator encoded by bacteriophage Xp10 of the rice pathogen Xanthomonas oryzae pv. Oryzae (Xoo) and discuss the mechanisms by which P7 modulates the host bacterial RNAP. The structures together with biochemical evidence demonstrate that P7 prevents transcription termination by plugging up the RNAP RNA-exit channel and impeding RNA-hairpin formation at the intrinsic terminator. Moreover, P7 inhibits transcription initiation by restraining RNAP-clamp motions. Our study reveals the structural basis for transcription antitermination by phage proteins and provides insights into bacterial transcription regulation.
リンクNat Commun / PubMed:31296855 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.41 - 3.95 Å
構造データ

EMDB-9785, PDB-6j9e:
Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with NusA and the bacteriophage protein P7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

EMDB-9786, PDB-6j9f:
Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with the bacteriophage protein P7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.95 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
  • xanthomonas oryzae pv. oryzae (strain pxo99a) (バクテリア)
  • xanthomonas oryzae pv. oryzae pxo99a (バクテリア)
  • xanthomonas virus xp10 (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • Xanthomonas oryzae (バクテリア)
  • xanthomonas oryzae pv. oryzae maff 311018 (バクテリア)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / transcription termination / anti-termination / RNAP clamp / phage (ファージ) / transcription initiation (転写 (生物学)) / P7 / NusA / Xanthomonos oryzae / Xp10

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

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