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Structure paper

タイトルStructural snapshots of actively transcribing influenza polymerase.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 6, Page 460-470, Year 2019
掲載日2019年6月3日
著者Tomas Kouba / Petra Drncová / Stephen Cusack /
PubMed 要旨Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase uses unique mechanisms to transcribe its single-stranded genomic viral RNA (vRNA) into messenger RNA. The polymerase is initially bound to a promoter ...Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase uses unique mechanisms to transcribe its single-stranded genomic viral RNA (vRNA) into messenger RNA. The polymerase is initially bound to a promoter comprising the partially base-paired 3' and 5' extremities of the RNA. A short, capped primer, 'cap-snatched' from a nascent host polymerase II transcript, is directed towards the polymerase active site to initiate RNA synthesis. Here we present structural snapshots, as determined by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, of actively initiating influenza polymerase as it transitions towards processive elongation. Unexpected conformational changes unblock the active site cavity to allow establishment of a nine-base-pair template-product RNA duplex before the strands separate into distinct exit channels. Concomitantly, as the template translocates, the promoter base pairs are broken and the template entry region is remodeled. These structures reveal details of the influenza polymerase active site that will help optimize nucleoside analogs or other compounds that directly inhibit viral RNA synthesis.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31160782 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.88 - 3.24 Å
構造データ

EMDB-4511, PDB-6qcs:
Influenza B polymerase pre-initiation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-4512, PDB-6qct:
Influenza B polymerase elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

PDB-6qcv:
Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer and CTP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.24 Å

PDB-6qcw:
Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.88 Å

PDB-6qcx:
Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 15-mer RNA primer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.08 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-CTP:
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP

ChemComp-POP:
PYROPHOSPHATE 2-

由来
  • influenza b virus (B型インフルエンザウイルス)
  • influenza b virus (b/memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza polzmerase / Influenza B Polymerase / RNA dependent RNA polymerase

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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