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Structure paper

タイトルFragment screen against ABLE
ジャーナル・号・ページTo be published
掲載日2024年10月8日 (構造データの登録日)
著者Correy, G.J. / Fraser, J.S.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.3 - 1.95 Å
構造データ

PDB-7hiy:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000058111
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-7hiz:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000008579298
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-7hj0:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000006657973
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-7hj1:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000084843283
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hj2:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000388063
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hj3:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000002941706
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-7hj4:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000162015
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-7hj5:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000001612349
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hj6:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000004271832
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hj7:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000403990
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7hj8:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000270975
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7hj9:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000155614
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-7hja:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000156865
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7hjb:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000154564
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hjc:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000004219237
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7hjd:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000164504
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hje:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000002567980
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7hjf:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000012370416
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hjg:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000001394131
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-7hjh:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000159056
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hji:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000404314
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hjj:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000158815
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7hjk:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000002583439
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-7hjl:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000165667
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7hjm:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000163774
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hjn:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000077278
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-7hjo:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000020269197
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-7hjp:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000037405164
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7hjq:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000017744334
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hjr:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000042783023
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hjs:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000109930
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-7hjt:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000098208711
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hju:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000039132637
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-7hjv:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000173360
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hjw:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000002571408
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hjx:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000066090
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hjy:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000389796
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-7hjz:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000016697555
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7hk0:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000004774482
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7hk1:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000107891
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hk2:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000034687
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hk3:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000000053963
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7hk4:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of ABLE in complex with ZINC000038866729
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-9dw2:
Crystal structure of ABLE, 10% DMSO soak
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-9dwa:
Crystal structure of FABLE, MPD condition
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-9dwb:
Crystal structure of FABLE, PEG 400 condition
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-9dwc:
Crystal structure of FABLE, PEG 600 condition
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å

化合物

ChemComp-07L:
7-hydroxy-2H-chromen-2-one / 7-ヒドロキシクマリン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-OCH:
QUINOLIN-2(1H)-ONE / 2-ヒドロキシキノリン

ChemComp-5GT:
7-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one / 7-(トリフルオロメチル)-1,2,3,4-テトラヒドロキノキサリン-2-オン

ChemComp-CLW:
CHLORZOXAZONE / クロルゾキサゾン

ChemComp-Z82:
4-bromobenzoic acid / 4-ブロモ安息香酸

ChemComp-4JE:
4-propylbenzenesulfonamide / 4-プロピルベンゼンスルホンアミド

ChemComp-MWP:
1-benzothiophen-6-amine 1,1-dioxide

ChemComp-4JQ:
6-amino-2H-chromen-2-one / 6-アミノ-2H-1-ベンゾピラン-2-オン

ChemComp-DBJ:
2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-ylmethanol

ChemComp-4JC:
4-ethylbenzenesulfonamide / 4-エチルベンゼンスルホンアミド

ChemComp-M4S:
4-methoxybenzenesulfonamide / 4-メトキシベンゼンスルホンアミド

ChemComp-FBV:
2-fluorobenzenesulfonamide / 2-フルオロベンゼンスルホンアミド

ChemComp-174:
4-CHLORO-BENZOIC ACID / 4-クロロ安息香酸

ChemComp-HCI:
HYDROCINNAMIC ACID / 3-フェニルプロピオン酸

ChemComp-6U6:
3-(5-chloranyl-1,3-benzothiazol-2-yl)propanoic acid

ChemComp-BZX:
1,3-benzodioxol-5-ol / セサモ-ル / 抗炎症剤, 抗うつ薬*YM

ChemComp-IEJ:
O-TOLUENESULFONAMIDE / OTS

ChemComp-54F:
3-(pyridin-2-yloxy)aniline / 3-(2-ピリジルオキシ)アニリン

ChemComp-0NX:
(5-phenyl-1,2-oxazol-3-yl)methanol / 5-フェニルイソオキサゾ-ル-3-メタノ-ル

ChemComp-1FF:
1-methyl-5-phenyl-1H-pyrazole-4-carboxylic acid / 1-メチル-5-フェニル-1H-ピラゾ-ル-4-カルボン酸

ChemComp-2SX:
(5-bromo-1H-indol-3-yl)acetic acid / 5-ブロモ-1H-インド-ル-3-酢酸

ChemComp-9FH:
5-methyl-1-phenyl-pyrazole-4-carboxylic acid / 1-フェニル-5-メチル-1H-ピラゾ-ル-4-カルボン酸

ChemComp-22F:
(4-fluorophenyl)(pyridin-4-yl)methanone / (4-ピリジル)(p-フルオロフェニル)ケトン

ChemComp-5RG:
2-amino-5-fluorobenzoic acid / 5-フルオロアントラニル酸

ChemComp-5ZE:
4,6-dimethylpyrimidin-2-amine / 2-アミノ-4,6-ジメチルピリミジン

PDB-1bc2:
ZN-DEPENDENT METALLO-BETA-LACTAMASE FROM BACILLUS CEREUS

ChemComp-WB1:
6-methyl-1H-indole-3-carboxylic acid

PDB-1bc3:
RECOMBINANT RAT ANNEXIN V, TRIPLE MUTANT (T72K, S144K, S228K)

ChemComp-FBB:
6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine / 6-フルオロベンゾチアゾ-ル-2-アミン

ChemComp-80Q:
2-piperidin-4-yloxy-5-(trifluoromethyl)pyridine

ChemComp-DEE:
3,5-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-CARBOXYLIC ACID ETHYL ESTER / 3,5-ジメチル-1H-ピラゾ-ル-4-カルボン酸エチル

ChemComp-BXW:
3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzothiazine-7-carboxylic acid

ChemComp-EVH:
1H-imidazole-2-sulfonamide

ChemComp-PYQ:
PYROQUILON / ピロキロン

ChemComp-FBS:
4-FLUOROBENZENESULFONAMIDE / 4-フルオロベンゼンスルホンアミド

ChemComp-MSR:
4-(1H-IMIDAZOL-1-YL)PHENOL / 4-(1H-イミダゾ-ル-1-イル)フェノ-ル

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-FA0:
2-amino-4-fluorobenzoic acid / 2-アミノ-4-フルオロ安息香酸

ChemComp-LVF:
2-(5-chloranyl-1H-indol-3-yl)ethanenitrile

PDB-1h0m:
Three-dimensional structure of the quorum sensing protein TraR bound to its autoinducer and to its target DNA

ChemComp-NUK:
thieno[3,2-b]thiophene-5-carboxylic acid / チエノ[3,2-b]チオフェン-2-カルボン酸

ChemComp-DFA:
DIPHENYLACETIC ACID / ジフェニル酢酸

ChemComp-BZ2:
1-benzofuran-2-carboxylic acid / ベンゾフラン-2-カルボン酸

ChemComp-5LA:
2-chloranyl-6~{H}-thieno[2,3-b]pyrrole-5-carboxylic acid

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM

由来
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDE NOVO PROTEIN / Protein design / four-helix bundle / apixaban

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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