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Structure paper

タイトルThe CODH/ACS complex caught in action
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2024年6月10日 (構造データの登録日)
著者Ruickoldt J / Wendler P / Dobbek H
リンクPubMedで検索
手法EM (単粒子)
解像度1.9 - 10.0 Å
構造データ

50588

9fnc

EMDB-50588, PDB-9fnc:
Half-closed CODH/ACS in the carbonylated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.21 Å

50598

9fnj

EMDB-50598, PDB-9fnj:
Half-closed CODH/ACS in the acetylated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

50616

9fo4

EMDB-50616, PDB-9fo4:
Half-closed CODH/ACS (Class 2) in the methylated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.47 Å

50626

9fop

EMDB-50626, PDB-9fop:
Half-closed CODH/ACS (Class 1) in the methylated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.33 Å

50631

9fox

EMDB-50631, PDB-9fox:
Half-closed CODH/ACS in the reduced state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.31 Å

50674

9fr0

EMDB-50674, PDB-9fr0:
Triangle state of ACS found in the as-isolated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

50677

9fr1

EMDB-50677, PDB-9fr1:
Half-closed CODH/ACS in the as-isolated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-50729: Extended state of carbonylated CODH/ACS (3D flex consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

50754

9fu3

EMDB-50754, PDB-9fu3:
Closed CODH/ACS in the methylated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

50756

9fu4

EMDB-50756, PDB-9fu4:
Wobbly CODH/ACS in the as isolated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.9 Å

50757

9fu7

EMDB-50757, PDB-9fu7:
Wobbly CODH/ACS in the reduced state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.04 Å

50758

9fu9

EMDB-50758, PDB-9fu9:
Wobbly CODH/ACS in the methylated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.24 Å

50759

9fua

EMDB-50759, PDB-9fua:
Wobbly CODH/ACS in the acetlyated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.04 Å

50760

9fub

EMDB-50760, PDB-9fub:
Wobbly CODH/ACS in the carbonylated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.98 Å

50761

9fuc

EMDB-50761, PDB-9fuc:
Wobbly CODH/ACS in the presence of CoA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.06 Å

EMDB-50837: CODH/ACS in the loose extended state in the presence of CoA (3D flex consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

化合物

ChemComp-RQM:
Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-CMO:
CARBON MONOXIDE / カルボニル

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-ACE:
ACETYL GROUP / アセトアルデヒド

ChemComp-74C:
methyl radical / メチリジンラジカル

由来
  • carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
  • carboxydothermus hydrogenoformans z-2901 (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / CODH / ACS / CO2 fixation / reductive acetyl-CoA pathway / Wood-Ljungdahl pathway

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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