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タイトルCharacterization of the metal ion binding helix-hairpin-helix motifs in human DNA polymerase beta by X-ray structural analysis.
ジャーナル・号・ページBiochemistry, Vol. 35, Page 12778-12787, Year 1996
掲載日1996年4月19日 (構造データの登録日)
著者Pelletier, H. / Sawaya, M.R.
リンクBiochemistry / PubMed:8841120
手法X線回折
解像度2.3 - 3.7 Å
構造データ

PDB-1nom:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (5 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-1zqa:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (150 MILLIMOLAR) AT PH 7.5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-1zqb:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF BACL2 (150 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-1zqc:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (15 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-1zqd:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (150 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

PDB-1zqe:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CRCL3 (SATURATED SOLUTION)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.7 Å

PDB-1zqf:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CSCL (150 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-1zqg:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF A SODIUM-FREE ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR AT PH 6.5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-1zqh:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF A SODIUM-FREE ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR AT PH 7.5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-1zqi:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (150 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-1zqj:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (15 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (15 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-1zqk:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (75 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (75 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-1zql:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (15 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (15 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-1zqm:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (15 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-1zqn:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF BACL2 (15 MILLIMOLAR) AND NACL (15 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-1zqo:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (15 MILLIMOLAR) AND NACL (15 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-1zqp:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (75 MILLIMOLAR) AND NACL (75 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-1zqq:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (15 MILLIMOLAR) AND NACL (15 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-1zqr:
DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7)/DNA COMPLEX, SOAKED IN THE PRESENCE OF NICL2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.7 Å

PDB-1zqs:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF TLCL (0.5 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-1zqu:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-1zqv:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (150 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-1zqw:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF CSCL (150 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-1zqx:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (150 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-1zqy:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MGCL2 (50 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-1zqz:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (50 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-8ica:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP (1 MILLIMOLAR) AND CACL2 (5 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-8icb:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-8icc:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA (NO 5'-PHOSPHATE)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-8ice:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP (1 MILLIMOLAR) AND CDCL2 (1 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-8icf:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP (10 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (50 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-8icg:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP (1 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (5 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-8ich:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DCTP (1 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (5 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-8ici:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DGTP (1 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (5 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-8icz:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF OF DATP (1 MILLIMOLAR), MNCL2 (5 MILLIMOLAR), AND LITHIUM SULFATE (75 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-9ica:
DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7)/DNA COMPLEX + 2'-DEOXYADENOSINE-5'-O-(1-THIOTRIPHOSPHATE), SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP(ALPHA)S AND MNCL2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-9icb:
DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7)/DNA COMPLEX + 2'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP AND COCL2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-9icc:
DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7)/DNA COMPLEX + 2'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP AND CRCL3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-9ice:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP (1 MILLIMOLAR) AND CUCL2 (0.1 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-9icg:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DCTP (1 MILLIMOLAR) AND ZNCL2 (1 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-9ich:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DGTP (1 MILLIMOLAR) AND ZNCL2 (1 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-9ici:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DTTP (1 MILLIMOLAR) AND ZNCL2 (1 MILLIMOLAR)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-9icj:
DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-9icl:
DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7)/DNA COMPLEX, SOAKED IN THE PRESENCE OF PYROPHOSPHATE AND MNCL2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-BA:
Unknown entry / バリウムジカチオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-CR:
CHROMIUM ION

ChemComp-CS:
Unknown entry / セシウムカチオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP

ChemComp-CD:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-STP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-O-(1-THIOTRIPHOSPHATE)

ChemComp-CO:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-DCP:
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP

ChemComp-DGT:
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA REPLICATION / DNA REPAIR / TRANSFERASE/DNA / COMPLEX (NUCLEOTIDYLTRANSFERASE-DNA / TRANSFERASE-DNA complex

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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