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タイトルStepwise transcription stalling by the anti-cancer drug Actinomycin D and insights into short tandem repeat transcription inhibition.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年3月15日
著者Weiqi Zhao / Liulian Zhu / Yankai Liu / Wenjing Deng / Xu Yang / Lei Ye / Zhiyuan Lin / Kefeng Ding / Xin Yang / Xuekun Li / Jun Xu /
PubMed 要旨Short tandem repeats (STRs) comprise 6% of the human genome, and their transcription is linked to over 60 diseases. Actinomycin D (ACTD) is the first clinically approved anticancer antibiotic that ...Short tandem repeats (STRs) comprise 6% of the human genome, and their transcription is linked to over 60 diseases. Actinomycin D (ACTD) is the first clinically approved anticancer antibiotic that inhibits transcription through an incompletely understood mechanism. Here, using reconstituted yeast and mammalian systems, we investigate the mechanism of transcription inhibition and examine the impact of ACTD on STR transcription. We show that ACTD induces RNA polymerase II (Pol II) pausing at three distinct states and present structural snapshots of Pol II processing ACTD in these states. Furthermore, we examine ACTD's effects on Pol II transcribing five disease-linked, GC-rich STRs and resolve structures of Pol II in complex with ACTD during the transcription of CTG repeats associated with myotonic dystrophy type 1. Our findings reveal the structural basis of ACTD-mediated transcription inhibition and provide a framework for the rational modification of ACTD to target STR-associated disorders.
リンクNat Commun / PubMed:41833943 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.46 - 3.09 Å
構造データ

62148

9k7f

EMDB-62148, PDB-9k7f:
RNA polymerase II elongation complex apo structure.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

62264

9kd7

EMDB-62264, PDB-9kd7:
The structure of RNA polymerase II elongation complex paused at N-1 state by actinomycin D.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

62265

9kd8

EMDB-62265, PDB-9kd8:
The structure of RNA polymerase II elongation complex paused at N-2 state by actinomycin D.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

62266

9kd9

EMDB-62266, PDB-9kd9:
The structure of RNA polymerase II elongation complex paused at N-5 state by actinomycin D.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

62282

9kdn

EMDB-62282, PDB-9kdn:
The structure of 1 ACTD bound to RNA polymerase II elongation complex with 2 CTG repeats.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

62283

9kdo

EMDB-62283, PDB-9kdo:
The structure of 2 ACTD bound to RNA polymerase II elongation complex with 3 CTG repeats
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

62284

9kdq

EMDB-62284, PDB-9kdq:
The structure of 3 ACTD bound to RNA polymerase II elongation complex with 4 CTG repeats.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • streptomyces sp. (バクテリア)
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase II / Elongation complex / Apo structure / RNA polymerase II elongation complex / actinomycin D / N-2 state structure / N-2 state / RNA polymerase II elongation complex actinomycin D / N-5 state / CTG repeats / CTG repeat / 3 ACTD / 4 CTG repeats

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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