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タイトルMolecular basis for dual-spacer-guided target cleavage by the TIGR-TasH system.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 86, Issue 7, Page 1217-11229.e6, Year 2026
掲載日2026年4月2日
著者Jie Yang / Tongyao Wang / Zhikun Liu / Wenqi Wu / Yangyue Sun / Yancheng Zhan / Shuqin Zhang / Hong Chen / Bin Liu / Caidie Yue / Zhenning Yin / Zhengda Shan / Xuzichao Li / Zhuang Li / Zhiyong Yuan / Hang Yin / Heng Zhang /
PubMed 要旨The RNA-directed programmable nuclease systems, exemplified by the CRISPR-Cas system, have been widely used in genome editing. In contrast to the single-spacer configuration of CRISPR RNA (crRNA), ...The RNA-directed programmable nuclease systems, exemplified by the CRISPR-Cas system, have been widely used in genome editing. In contrast to the single-spacer configuration of CRISPR RNA (crRNA), the guide RNA (tigRNA) of the tandem interspaced guide RNA (TIGR) system features a dual-spacer arrangement, thereby directing the TIGR-associated (Tas) protein to engage both strands of the target double-stranded DNA (dsDNA). Here, we determine six cryo-electron microscopy structures of the Salicola phage TIGR-TasH complex. The central coiled-coil region of TasH mediates dimerization, while the C-terminal nucleolar protein (Nop) domain is able to autonomously process precursor tigRNA. Upon target binding, the dynamic N-terminal HNH nuclease domain is recruited for cleavage through a β-hairpin, which also determines the target preference. More interestingly, the conserved box C motif of tigRNA stabilizes this β-hairpin in an adenine-specific manner, enabling us to rationally design a guide RNA-defined nickase, distinct from conventional protein-based nickase strategies used in genome editing.
リンクMol Cell / PubMed:41831437
手法EM (単粒子)
解像度2.33 - 3.3 Å
構造データ

65487

9vzx

EMDB-65487, PDB-9vzx:
Cryo-EM structure of TasH-tigRNA-gap dsDNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

65489

9w02

EMDB-65489, PDB-9w02:
Cryo-EM structure of TasH-tigRNA-ssDNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

65490

9w03

EMDB-65490, PDB-9w03:
Cryo-EM structure of TasH-tigRNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

65491

9w04

EMDB-65491, PDB-9w04:
Cryo-EM structure of TasH-tigRNA-dsDNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.33 Å

65567

9w26

EMDB-65567, PDB-9w26:
Cryo-EM structure of TasH-tigRNA (5G)-dsDNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

67763

21kl

EMDB-67763, PDB-21kl:
Cryo-EM structure of TasH-pre-tigRNA-dsDNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • salicola phage cgphi29 (ファージ)
キーワードANTIVAL PROTEIN/RNA/DNA / protein complex / ANTIVIRAL PROTEIN/RNA/DNA / ANTIVAL PROTEIN-RNA-DNA complex / ANTIVIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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