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Structure paper

タイトルAffinity maturation and light-chain-mediated paratope diversification anticipates viral evolution.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 45, Issue 1, Page 116800, Year 2025
掲載日2025年12月30日
著者John Dingus / Duck-Kyun Yoo / Sachin Kumar / Yajuan Wang / Md Golam Kibria / Shahab Saghaei / Zahra Allahyari / Jessica W Chen / Natalie M Caputo / Jason Hwang / Bing Chen / Duane R Wesemann /
PubMed 要旨A key goal of vaccinology is to train the immune system to combat current pathogens while preparing it for future variants. Here, we investigate how Wuhan strain severe acute respiratory syndrome ...A key goal of vaccinology is to train the immune system to combat current pathogens while preparing it for future variants. Here, we investigate how Wuhan strain severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 mRNA vaccination generates "anticipatory breadth" in an antibody family exhibiting germline complementarity to the ACE2 binding site on the receptor-binding-domain (RBD). IGHV3-53/66 antibodies from infection-naive vaccinees frequently neutralize Omicron variants and contain hallmark breadth-enhancing mutations. While Omicron breakthrough infection does not alter IGHV3-53/66 mutation frequencies, it modifies Ig light-chain pairing frequencies, suggesting variant-driven selection for favorable pairings. Structural analyses of IGHV3-53/66-RBD complexes show that hallmark heavy-chain mutations refine interactions with conserved RBD residues, while alternative Ig light-chain pairings modify contacts at Omicron mutation sites. Together, these findings support a cooperative model of anticipatory breadth involving targeting of a functionally constrained epitope, affinity maturation to establish an affinity buffer, and alternative Ig light-chain pairings to diversify paratopes-providing a mechanistic framework for anticipating viral evolution.
リンクCell Rep / PubMed:41474620
手法EM (単粒子)
解像度2.85 Å
構造データ

71899

9pw4

EMDB-71899, PDB-9pw4:
Structure of V30V4 in complex with SARS-CoV-2 spike
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-Cov-2 G614 antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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