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Structure paper

タイトルModular programming of interaction and geometric specificity enables assembly of complex DNA origami nanostructures.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 11392, Year 2025
掲載日2025年12月11日
著者Rupam Saha / Daichi Hayakawa / Thomas E Videbæk / Mason Price / Wei-Shao Wei / Juanita Pombo / Daniel Duke / Gaurav Arya / Gregory M Grason / W Benjamin Rogers / Seth Fraden /
PubMed 要旨Self-assembly of nanoscale building blocks with programmable geometries and interactions offers a powerful route to engineer materials that mimic the complexity of biological structures. DNA origami ...Self-assembly of nanoscale building blocks with programmable geometries and interactions offers a powerful route to engineer materials that mimic the complexity of biological structures. DNA origami provides an exceptional platform for this purpose, enabling precise control over subunit shape, binding angles, and interaction specificity. Here we present a modular DNA origami design approach to address the challenges of assembling geometrically complex nanoscale structures, including those with nonuniform curvatures. This approach features a core structure that completely conserves the scaffold routing across different designs and preserves more than 70% of the DNA staples between designs, dramatically reducing both cost and effort, while enabling precise and independent programming of subunit interactions and binding angles through adjustable overhang lengths and sequences. Using cryogenic electron microscopy, gel electrophoresis, and coarse-grained simulations, we validate a set of robust design rules and demonstrate the assembly of diverse self-limiting structures, including anisotropic shells, a T = 13 icosahedral shell, and a toroid with globally varying curvature. This modular strategy provides an efficient and cost-effective framework for the synthetic fabrication of complex nanostructures.
リンクNat Commun / PubMed:41381477 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度21.38 - 36.7 Å
構造データ

EMDB-48565: Modular DNA origami building block for self-assembly: dimer with 10 base pair arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 36.7 Å

EMDB-48566: Modular DNA origami building block for self-assembly: dimer with 6 base pair arm
手法: EM (単粒子) / 解像度: 35.86 Å

EMDB-48567: Modular DNA origami building block for self-assembly: dimer with 10 base pair arm, negative binding angle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 36.7 Å

EMDB-48569: Modular DNA origami building block for self-assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.38 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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