[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルHigh-resolution Cryo-EM Analysis of the Therapeutic Pseudomonas Phage Pa223.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 437, Issue 21, Page 169386, Year 2025
掲載日2025年8月12日
著者Chun-Feng David Hou / Nathan Bellis / Ravi K Lokareddy / Steven Branston / Johnny Reid / Renae Geier / Angela Soriaga / Lucy Sim / Pierre Kyme / Deborah L Birx / Sebastien Lemire / Gino Cingolani /
PubMed 要旨Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) analysis of bacteriophages is a valuable method for deciphering virus composition and conformational plasticity. In this study, we present a high-resolution ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) analysis of bacteriophages is a valuable method for deciphering virus composition and conformational plasticity. In this study, we present a high-resolution structural atlas of the Pseudomonas virus Pa223, a phage from the Bruynoghevirus genus that has recently been used in clinical cocktails for treating cystic fibrosis and non-cystic fibrosis bronchiectasis, as well as for compassionate care. By combining bioinformatics, proteomics, cryo-EM single particle analysis, and localized reconstruction, we annotated and built atomic models for eight structural polypeptide chains that form the icosahedral capsid and noncontractile tail. We discovered that the Pa223 capsid is decorated by a spike protein with a unique triple-β helix fold that has no structural homologs in the database. The Pa223 tail features six trimeric tail fibers extending upward, similar to but shorter than those found in phage T7. Unlike T7, the Pa223 tail is extended by two head-to-tail adaptors and sealed by a trimeric tail needle, similar to P22-like phages. We identified a protein bound around the outer perimeter of the portal protein, positioned similarly to the ejection protein gp72, which was identified in the Pseudomonas phage DEV, a Litunavirus phage, and a member of the reclassified Schitoviridae family. This structural clue led us to identify the Pa223 ejection proteins gp53, gp54, and gp56, which bioinformatically resemble those of phage T7 more closely than Schitoviridae. Thus, Pa223 contains various structural elements similar to those in P22-like, T7-like, and Litunavirus phages, providing a foundation for understanding the evolution of ejection proteins in Bruynogheviruses.
リンクJ Mol Biol / PubMed:40812680 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 4.5 Å
構造データ

49882

9nwi

EMDB-49882, PDB-9nwi:
Pseudomonas phage Pa223 tail (C6 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

49887

9nwm

EMDB-49887, PDB-9nwm:
Pseudomonas phage Pa223 Portal (C12 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

49902

9nxk

EMDB-49902, PDB-9nxk:
Pseudomonas phage Pa223 tail fiber
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

49909

9nxo

EMDB-49909, PDB-9nxo:
Pseudomonas phage Pa223 periplasmic tunnel (pre-ejection, dodecameric assembly)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

49910

9nxp

EMDB-49910, PDB-9nxp:
Pseudomonas phage Pa223 tail needle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

49916

9ny2

EMDB-49916, PDB-9ny2:
Pseudomonas phage Pa223 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

49925

9ny6

EMDB-49925, PDB-9ny6:
Pseudomonas phage Pa223 capsid spike
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-49926: Pseudomonas phage Pa223 full-virion, asymmetric reconstruction, 4 A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

由来
  • pseudomonas virus pa223 (ウイルス)
キーワードVIRUS / Constituent protein / Structural protein / Phage tail component / Phage assembly

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る