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タイトルCalcium-dependent oligomerization of scavenger receptor CD163 facilitates the endocytosis of ligands.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 6679, Year 2025
掲載日2025年7月21日
著者Hua Xu / Xiaohui Song / Xiao-Dong Su /
PubMed 要旨Scavenger receptor CD163 is a marker of M2 type macrophages that play important roles in anti-inflammatory processes. The most extensively studied function of CD163 is related to the elimination of ...Scavenger receptor CD163 is a marker of M2 type macrophages that play important roles in anti-inflammatory processes. The most extensively studied function of CD163 is related to the elimination of hemoglobin-haptoglobin (Hb-Hp) complexes, to prevent potential oxidative toxicity of the iron-containing heme. However, the structural mechanism of CD163 in ligand binding and internalization remains elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of human Hb-Hp recognition by the full ectodomain of CD163. We illuminate that CD163 forms calcium-dependent oligomers and primarily exists as trimeric form under the condition of 2.5 mM calcium. It mainly utilizes two protomers to interact with Hb-Hp complex asymmetrically, while the third protomer of the trimer also has the potential to form calcium-mediated contacts with Hp. Flow cytometry analyses reveal that oligomerization of CD163 significantly enhances the efficiency of ligand endocytosis. These results advance our understanding of the role of CD163 in ligand scavenging.
リンクNat Commun / PubMed:40691148 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.94 - 3.21 Å
構造データ

38480

8xmk

EMDB-38480, PDB-8xmk:
Local refinement of SRCR5-9 domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

38485

8xmp

EMDB-38485, PDB-8xmp:
Structure of CD163 in complex with Hb-Hp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

38486

8xmq

EMDB-38486, PDB-8xmq:
Structure of dimeric CD163 in complex with Hb-Hp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

38490

8xmw

EMDB-38490, PDB-8xmw:
Local refinement of Hb-Hp bind to CD163
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードENDOCYTOSIS / Homotrimer / receptor / scavenger receptor / ligand binding / EXOCYTOSIS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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