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Structure paper

タイトルIntraflagellar transport trains can switch rails and move along multiple microtubules in intact primary cilia.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 16, Page e2413968122, Year 2025
掲載日2025年4月22日
著者Shufeng Sun / Biqing Liang / Adam Koplas / Irina Tikhonenko / Maxence Nachury / Alexey Khodjakov / Haixin Sui /
PubMed 要旨Structural homeostasis and proper distributions of signaling molecules in cilia require a constant flow of cargoes carried by intraflagellar transport (IFT) trains in both anterograde and retrograde ...Structural homeostasis and proper distributions of signaling molecules in cilia require a constant flow of cargoes carried by intraflagellar transport (IFT) trains in both anterograde and retrograde directions within the thin, long ciliary shafts. In the motile cilium framework, the nine microtubule doublets of the same length serve as the transportation rails, and a preferential association to the two subtubules of the microtubule doublets prevents collisions among the IFT trains that move in opposite directions. However, this mechanism is incompatible with the primary cilia structure, where most of the nine microtubule doublets terminate in the ciliary shafts-only several of them reach the ciliary tip and only in a singlet form. Here, we demonstrate that anterograde and retrograde trains in primary cilia interact with both subtubules of the microtubule doublets without apparent preference. They can switch microtubules, and they may simultaneously interact with multiple microtubules to facilitate their movement. This architecture makes the collisions inevitable, and live-cell recordings reveal that anterograde and retrograde trains tend to pause when they come into direct contact. We also find that the velocity of the train's movement often changes after the pause. Thus, the motion behaviors of IFT trains in primary cilia are distinctive from those of motile cilia, and our data offer an essential foundation for understanding proper signaling molecule distributions in primary cilia.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40249775 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-49936: CLEM Cilium N17 for IFT motion study
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-49937: CLEM Cilium N7 for IFT motion study
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-49938: Cilium N6 for IFT motion study
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-49939: Proximal region of Cilium N4 for IFT motion study
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-49940: Distal region of Cilium N4 for IFT motion study
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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