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タイトルMonoclonal nanobodies alter the activity and assembly of the yeast vacuolar H-ATPase.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2025
掲載日2025年1月11日
著者Kassidy Knight / Jun Bae Park / Rebecca A Oot / Md Murad Khan / Soung-Hun Roh / Stephan Wilkens /
PubMed 要旨The vacuolar ATPase (V-ATPase; VV) is a multi-subunit rotary nanomotor proton pump that acidifies organelles in virtually all eukaryotic cells, and extracellular spaces in some specialized tissues of ...The vacuolar ATPase (V-ATPase; VV) is a multi-subunit rotary nanomotor proton pump that acidifies organelles in virtually all eukaryotic cells, and extracellular spaces in some specialized tissues of higher organisms. Evidence suggests that metastatic breast cancers mislocalize V-ATPase to the plasma membrane to promote cell survival and facilitate metastasis, making the V-ATPase a potential drug target. We have generated a library of camelid single-domain antibodies (Nanobodies; Nbs) against lipid-nanodisc reconstituted yeast V-ATPase V proton channel subcomplex. Here, we present an in-depth characterization of three anti-V Nbs using biochemical and biophysical experiments. We find that the Nbs bind V with high affinity, with one Nb inhibiting holoenzyme activity and another one preventing enzyme assembly. Using cryoEM, we find that two of the Nbs bind the subunit ring of the V on the lumen side of the complex. Additionally, we show that one of the Nbs raised against yeast V can pull down human V-ATPase (VV). Our research demonstrates Nb versatility to target and modulate the activity of the V-ATPase, and highlights the potential for future therapeutic Nb development.
リンクbioRxiv / PubMed:39829782 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.33 - 4.5 Å
構造データ

47659

9e76

EMDB-47659, PDB-9e76:
Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 1WVA25
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

47679

9e7l

EMDB-47679, PDB-9e7l:
Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

48311

9mj4

EMDB-48311, PDB-9mj4:
Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-48592: Yeast V-ATPase bound to Nanobody 2WVA7, state 3-18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-48593: Yeast V-ATPase bound to Nanobody 2WVA7, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-48594: Yeast V-ATPase bound to Nanobody 2WVA7, state 3+18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-48595: Yeast Vo bound to Nanobody 2WVA7, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-48596: Yeast Vo bound to Nanobody 2WVA7, state 3-18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-48597: Yeast Vo bound to Nanobody 2WVA7, state 3+18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • lama glama (ラマ)
キーワードPROTON TRANSPORT / Vacuolar ATPase / Vo proton channel / lipid nanodisc / nanobody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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