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Structure paper

タイトルStructural insights into the mechanism of phosphate recognition and transport by XPR1.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 18, Year 2025
掲載日2025年1月2日
著者Wenhui Zhang / Yanke Chen / Zeyuan Guan / Yong Wang / Meng Tang / Zhangmeng Du / Jie Zhang / Meng Cheng / Jiaqi Zuo / Yan Liu / Qiang Wang / Yanjun Liu / Delin Zhang / Ping Yin / Ling Ma / Zhu Liu /
PubMed 要旨XPR1 is the sole protein known to transport inorganic phosphate (Pi) out of cells, a function conserved across species from yeast to mammals. Human XPR1 variants lead to cerebral calcium-phosphate ...XPR1 is the sole protein known to transport inorganic phosphate (Pi) out of cells, a function conserved across species from yeast to mammals. Human XPR1 variants lead to cerebral calcium-phosphate deposition and primary familial brain calcification (PFBC), a hereditary neurodegenerative disorder. Here, we present the cryo-EM structure of human XPR1 in both its Pi-unbound and various Pi-bound states. XPR1 features 10 transmembrane α-helices forming an ion channel-like structure, with multiple Pi recognition sites along the channel. Pathogenic mutations in two arginine residues, which line the translocation channel, disrupt Pi transport. Molecular dynamics simulations reveal that Pi ion undergoes a stepwise transition through the sequential recognition sites during the transport process. Together with functional analyses, our results suggest that this sequential arrangement allows XPR1 to facilitate Pi ion passage via a "relay" process, and they establish a framework for the interpretation of disease-related mutations and for the development of future therapeutics.
リンクNat Commun / PubMed:39747008 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.3 Å
構造データ

61138

9j4x

EMDB-61138, PDB-9j4x:
CryoEM structure of human XPR1 in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

61139

9j51

EMDB-61139, PDB-9j51:
CryoEM structure of human XPR1 in complex with phosphate in state A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

61140

9j52

EMDB-61140, PDB-9j52:
CryoEM structure of human XPR1 in complex with phosphate in state B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

61141

9j53

EMDB-61141, PDB-9j53:
CryoEM structure of human XPR1 in complex with phosphate in state C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Phosphate / Transport / XPR1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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