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タイトルMolecular Structure of the Na,K-ATPase α4β1 Isoform in Its Ouabain-Bound Conformation.
ジャーナル・号・ページInt J Mol Sci, Vol. 25, Issue 22, Year 2024
掲載日2024年11月19日
著者Kazuhiro Abe / Jeff McDermott / Hridya Valia Madapally / Parthiban Marimuthu / Chai C Gopalasingam / Christoph Gerle / Hideki Shigematsu / Himanshu Khandelia / Gustavo Blanco /
PubMed 要旨Na,K-ATPase is the active ion transport system that maintains the electrochemical gradients for Na and K across the plasma membrane of most animal cells. Na,K-ATPase is constituted by the association ...Na,K-ATPase is the active ion transport system that maintains the electrochemical gradients for Na and K across the plasma membrane of most animal cells. Na,K-ATPase is constituted by the association of two major subunits, a catalytic α and a glycosylated β subunit, both of which exist as different isoforms (in mammals known as α1, α2, α3, α4, β1, β2 and β3). Na,K-ATPase α and β isoforms assemble in different combinations to produce various isozymes with tissue specific expression and distinct biochemical properties. Na,K-ATPase α4β1 is only found in male germ cells of the testis and is mainly expressed in the sperm flagellum, where it plays a critical role in sperm motility and male fertility. Here, we report the molecular structure of Na,K-ATPase α4β1 at 2.37 Å resolution in the ouabain-bound state and in the presence of beryllium fluoride. Overall, Na,K-ATPase α4 structure exhibits the basic major domains of a P-Type ATPase, resembling Na,K-ATPase α1, but has differences specific to its distinct sequence. Dissimilarities include the site where the inhibitor ouabain binds. Molecular simulations indicate that glycosphingolipids can bind to a putative glycosphingolipid binding site, which could potentially modulate Na,K-ATPase α4 activity. This is the first experimental evidence for the structure of Na,K-ATPase α4β1. These data provide a template that will aid in better understanding the function Na,K-ATPase α4β1 and will be important for the design and development of compounds that can modulate Na,K-ATPase α4 activity for the purpose of improving male fertility or to achieve male contraception.
リンクInt J Mol Sci / PubMed:39596464 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.37 Å
構造データ

60570

8zyj

EMDB-60570, PDB-8zyj:
Cryo-EM structure of human testis-specific Na+,K+-ATPase alpha4 in ouabain-bound form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-OBN:
OUABAIN / ウアバイン

ChemComp-Q7G:
2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / P-type ATPase / sodium pump / Na+ / K+-ATPase / testis / human

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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