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タイトルAn inhibitory segment within G-patch activators tunes Prp43-ATPase activity during ribosome assembly.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10150, Year 2024
掲載日2024年11月22日
著者Daniela Portugal-Calisto / Alexander Gregor Geiger / Julius Rabl / Oscar Vadas / Michaela Oborská-Oplová / Jarosław Mazur / Federica Richina / Purnima Klingauf-Nerurkar / Erich Michel / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / Vikram Govind Panse /
PubMed 要旨Mechanisms by which G-patch activators tune the processive multi-tasking ATP-dependent RNA helicase Prp43 (DHX15 in humans) to productively remodel diverse RNA:protein complexes remain elusive. Here, ...Mechanisms by which G-patch activators tune the processive multi-tasking ATP-dependent RNA helicase Prp43 (DHX15 in humans) to productively remodel diverse RNA:protein complexes remain elusive. Here, a comparative study between a herein and previously characterized activators, Tma23 and Pxr1, respectively, defines segments that organize Prp43 function during ribosome assembly. In addition to the activating G-patch, we discover an inhibitory segment within Tma23 and Pxr1, I-patch, that restrains Prp43 ATPase activity. Cryo-electron microscopy and hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry show how I-patch binds to the catalytic RecA-like domains to allosterically inhibit Prp43 ATPase activity. Tma23 and Pxr1 contain dimerization segments that organize Prp43 into higher-order complexes. We posit that Prp43 function at discrete locations on pre-ribosomal RNA is coordinated through toggling interactions with G-patch and I-patch segments. This could guarantee measured and timely Prp43 activation, enabling precise control over multiple RNA remodelling events occurring concurrently during ribosome formation.
リンクNat Commun / PubMed:39578461 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.33 Å
構造データ

19078

8rdy

EMDB-19078, PDB-8rdy:
Saccharomyces cerevisiae Prp43 helicase in complex with Pxr1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / preribosome / helicase / ribosome assembly / inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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