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タイトルVirion morphology and on-virus spike protein structures of diverse SARS-CoV-2 variants.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 43, Issue 24, Page 6469-6495, Year 2024
掲載日2024年11月14日
著者Zunlong Ke / Thomas P Peacock / Jonathan C Brown / Carol M Sheppard / Tristan I Croll / Abhay Kotecha / Daniel H Goldhill / Wendy S Barclay / John A G Briggs /
PubMed 要旨The evolution of SARS-CoV-2 variants with increased fitness has been accompanied by structural changes in the spike (S) proteins, which are the major target for the adaptive immune response. Single- ...The evolution of SARS-CoV-2 variants with increased fitness has been accompanied by structural changes in the spike (S) proteins, which are the major target for the adaptive immune response. Single-particle cryo-EM analysis of soluble S protein from SARS-CoV-2 variants has revealed this structural adaptation at high resolution. The analysis of S trimers in situ on intact virions has the potential to provide more functionally relevant insights into S structure and virion morphology. Here, we characterized B.1, Alpha, Beta, Gamma, Delta, Kappa, and Mu variants by cryo-electron microscopy and tomography, assessing S cleavage, virion morphology, S incorporation, "in-situ" high-resolution S structures, and the range of S conformational states. We found no evidence for adaptive changes in virion morphology, but describe multiple different positions in the S protein where amino acid changes alter local protein structure. Taken together, our data are consistent with a model where amino acid changes at multiple positions from the top to the base of the spike cause structural changes that can modulate the conformational dynamics of the S protein.
リンクEMBO J / PubMed:39543395 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 4.0 Å
構造データ

45863

9crc

EMDB-45863, PDB-9crc:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: B.1 variant 3 closed RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

45864

9crd

EMDB-45864, PDB-9crd:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: B.1 variant 1 open RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

45865

9cre

EMDB-45865, PDB-9cre:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Alpha (B.1.1.7) variant 3 closed RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

45866

9crf

EMDB-45866, PDB-9crf:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Alpha (B.1.1.7) variant 1 open RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

45867

9crg

EMDB-45867, PDB-9crg:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Gamma (P.1) variant 3 closed RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

45868

9crh

EMDB-45868, PDB-9crh:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Delta (B.1.617.2) variant 3 closed RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

45869

9cri

EMDB-45869, PDB-9cri:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike Proteins on intact virions: Mu (B.1.621) variant 3 closed RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 variant / B.1 strain / Alpha (B.1.1.7) variant / VIRUS / Gamma (P.1) variant / Delta (B.1.617.2) variant / Mu (B.1.621) variant

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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