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タイトルArchitecture and activation of single-pass transmembrane receptor guanylyl cyclase.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 3, Page 469-478, Year 2025
掲載日2024年11月14日
著者Shian Liu / Alexander M Payne / Jinan Wang / Lan Zhu / Navid Paknejad / Edward T Eng / Wei Liu / Yinglong Miao / Richard K Hite / Xin-Yun Huang /
PubMed 要旨The heart, in addition to its primary role in blood circulation, functions as an endocrine organ by producing cardiac hormone natriuretic peptides. These hormones regulate blood pressure through the ...The heart, in addition to its primary role in blood circulation, functions as an endocrine organ by producing cardiac hormone natriuretic peptides. These hormones regulate blood pressure through the single-pass transmembrane receptor guanylyl cyclase A (GC-A), also known as natriuretic peptide receptor 1. The binding of the peptide hormones to the extracellular domain of the receptor activates the intracellular guanylyl cyclase domain of the receptor to produce the second messenger cyclic guanosine monophosphate. Despite their importance, the detailed architecture and domain interactions within full-length GC-A remain elusive. Here we present cryo-electron microscopy structures, functional analyses and molecular dynamics simulations of full-length human GC-A, in both the absence and the presence of atrial natriuretic peptide. The data reveal the architecture of full-length GC-A, highlighting the spatial arrangement of its various functional domains. This insight is crucial for understanding how different parts of the receptor interact and coordinate during activation. The study elucidates the molecular basis of how extracellular signals are transduced across the membrane to activate the intracellular guanylyl cyclase domain.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39543315
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 7.82 Å
構造データ

EMDB-44429, PDB-9bcl:
Extracellular domain of apo GC-A, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-44430: Full-length apo GC-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.82 Å

EMDB-44431, PDB-9bcn:
Extracellular domain of apo GC-A, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-44432, PDB-9bco:
Intracellular domain of apo GC-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-44433, PDB-9bcp:
Kinase homology domain of apo GC-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-44434, PDB-9bcq:
Extracellular domain of GC-A bound to ANP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-44436, PDB-9bcs:
Intracellular domain of GC-A bound to ANP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-44437: Full-length GC-A bound to ANP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-44440, PDB-9bcv:
Cyclase domain of GC-A bound to ANP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードLYASE / Single pass transmembrane protein / guanylyl cyclase / atrial natriuretic peptide receptor / hypertension / membrane protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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