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タイトルStructural basis of α-latrotoxin transition to a cation-selective pore.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 8551, Year 2024
掲載日2024年10月3日
著者B U Klink / A Alavizargar / K S Kalyankumar / M Chen / A Heuer / C Gatsogiannis /
PubMed 要旨The potent neurotoxic venom of the black widow spider contains a cocktail of seven phylum-specific latrotoxins (LTXs), but only one, α-LTX, targets vertebrates. This 130 kDa toxin binds to ...The potent neurotoxic venom of the black widow spider contains a cocktail of seven phylum-specific latrotoxins (LTXs), but only one, α-LTX, targets vertebrates. This 130 kDa toxin binds to receptors at presynaptic nerve terminals and triggers a massive release of neurotransmitters. It is widely accepted that LTXs tetramerize and insert into the presynaptic membrane, thereby forming Ca-conductive pores, but the underlying mechanism remains poorly understood. LTXs are homologous and consist of an N-terminal region with three distinct domains, along with a C-terminal domain containing up to 22 consecutive ankyrin repeats. Here we report cryoEM structures of the vertebrate-specific α-LTX tetramer in its prepore and pore state. Our structures, in combination with AlphaFold2-based structural modeling and molecular dynamics simulations, reveal dramatic conformational changes in the N-terminal region of the complex. Four distinct helical bundles rearrange and together form a highly stable, 15 nm long, cation-impermeable coiled-coil stalk. This stalk, in turn, positions an N-terminal pair of helices within the membrane, thereby enabling the assembly of a cation-permeable channel. Taken together, these data give insight into a unique mechanism for membrane insertion and channel formation, characteristic of the LTX family, and provide the necessary framework for advancing novel therapeutics and biotechnological applications.
リンクNat Commun / PubMed:39362850 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 6.7 Å
構造データ

EMDB-51465: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainA, residues 796-1195
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-51467: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainA, residues 1-795
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-51468: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainB, residues 1-795
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-51469: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainB, residues 796-1195
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-51472: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainC, residues 1-795
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-51473: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainC, residues 796-1195
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-51474: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainD, residues 1-795
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-51475: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainD, residues 796-1195
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-51476: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin, ChainA-D, residues 105-788
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

EMDB-51479: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin (Pore-state), chainA, residues 650-1195
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-51484: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin (Pore-state), chainC, residues 650-1195
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-51485: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin (Pore-state), chainB, residues 650-1195
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-51488: Focussed refinement on alpha-Latrotoxin (Pore-state), chainD, residues 650-1195
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-51490: Consensus refinement on alpha-Latrotoxin (Pore-state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

EMDB-51492: Consensus refinement on alpha-Latrotoxin (Prepore state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-51494: Prepore state of alpha-Latrotoxin (hybrid map)
PDB-9go9: Prepore state of alpha-Latrotoxin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51495, PDB-9goa:
Pore state of alpha-Latrotoxin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • latrodectus tredecimguttatus (クモ)
キーワードTOXIN / Black widow spider toxin / Pore forming neurotoxin / Ankyrin repeat / presynaptic receptor activation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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