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タイトルSAR Analysis of Novel Coxsackie virus A9 Capsid Binders.
ジャーナル・号・ページJ Med Chem, Vol. 67, Issue 19, Page 17144-17161, Year 2024
掲載日2024年10月10日
著者Chiara Tammaro / Zlatka Plavec / Laura Myllymäki / Cristopher Mitchell / Sara Consalvi / Mariangela Biava / Alessia Ciogli / Aušra Domanska / Valtteri Leppilampi / Cienna Buckner / Simone Manetto / Pietro Sciò / Antonio Coluccia / Mira Laajala / Giulio M Dondio / Chiara Bigogno / Varpu Marjomäki / Sarah J Butcher / Giovanna Poce /
PubMed 要旨Enterovirus infections are common in humans, yet there are no approved antiviral treatments. In this study we concentrated on inhibition of one of the (EV-B), namely Coxsackievirus A9 (CVA9), using ...Enterovirus infections are common in humans, yet there are no approved antiviral treatments. In this study we concentrated on inhibition of one of the (EV-B), namely Coxsackievirus A9 (CVA9), using a combination of medicinal chemistry, virus inhibition assays, structure determination from cryogenic electron microscopy and molecular modeling, to determine the structure activity relationships for a promising class of novel -phenylbenzylamines. Of the new 29 compounds synthesized, 10 had half maximal effective concentration (EC) values between 0.64-10.46 μM, and of these, 7 had 50% cytotoxicity concentration (CC) values higher than 200 μM. In addition, this new series of compounds showed promising physicochemical properties and act through capsid stabilization, preventing capsid expansion and subsequent release of the genome.
リンクJ Med Chem / PubMed:39292620
手法EM (単粒子)
解像度2.26 - 2.75 Å
構造データ

19774

8s7j

EMDB-19774, PDB-8s7j:
Coxsackievirus A9 bound with compound 20 (CL300)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.26 Å

50039

9exi

EMDB-50039, PDB-9exi:
Coxsackievirus A9 bound with compound 14 (CL275)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.31 Å

50269

9fa9

EMDB-50269, PDB-9fa9:
Coxsackievirus A9 bound with compound 16 (CL298)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

50324

9fcz

EMDB-50324, PDB-9fcz:
Coxsackievirus A9 bound with compound 17 (CL301)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

50414

9fgn

EMDB-50414, PDB-9fgn:
Coxsackievirus A9 bound with compound 18 (CL304)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

50614

9fo2

EMDB-50614, PDB-9fo2:
Coxsackievirus A9 bound with compound 15 (CL278)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

50617

9fo5

EMDB-50617, PDB-9fo5:
Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

50636

9fp5

EMDB-50636, PDB-9fp5:
Coxsackievirus A9 bound with CL213.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

PDB-1h9q:
H119Q CARBONIC ANHYDRASE II

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


PDB 未公開エントリ

PDB-1h8j: Unknown entry

PDB-1ibs:
PHOSPHORIBOSYLDIPHOSPHATE SYNTHETASE IN COMPLEX WITH CADMIUM IONS

PDB-1ib2:
CRYSTAL STRUCTURE OF A PUMILIO-HOMOLOGY DOMAIN

PDB-1ich:
SOLUTION STRUCTURE OF THE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1 DEATH DOMAIN

PDB-1iei:
CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALDOSE REDUCTASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR ZENARESTAT.

PDB-1ieh:
SOLUTION STRUCTURE OF A SOLUBLE SINGLE-DOMAIN ANTIBODY WITH HYDROPHOBIC RESIDUES TYPICAL OF A VL/VH INTERFACE

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

由来
  • human coxsackievirus a9 (strain griggs) (コクサッキーウイルス)
  • coxsackievirus a9 (コクサッキーウイルス)
キーワードVIRUS / Antiviral / capsid stabilizer / hydrophobic pocket / cryoEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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