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タイトルCryo-EM-based discovery of a pathogenic parvovirus causing epidemic mortality by black wasting disease in farmed beetles.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 187, Issue 20, Page 5604-5619.e14, Year 2024
掲載日2024年10月3日
著者Judit J Penzes / Martin Holm / Samantha A Yost / Jason T Kaelber /
PubMed 要旨We use cryoelectron microscopy (cryo-EM) as a sequence- and culture-independent diagnostic tool to identify the etiological agent of an agricultural pandemic. For the past 4 years, American insect- ...We use cryoelectron microscopy (cryo-EM) as a sequence- and culture-independent diagnostic tool to identify the etiological agent of an agricultural pandemic. For the past 4 years, American insect-rearing facilities have experienced a distinctive larval pathology and colony collapse of farmed Zophobas morio (superworm). By means of cryo-EM, we discovered the causative agent: a densovirus that we named Zophobas morio black wasting virus (ZmBWV). We confirmed the etiology of disease by fulfilling Koch's postulates and characterizing strains from across the United States. ZmBWV is a member of the family Parvoviridae with a 5,542 nt genome, and we describe intersubunit interactions explaining its expanded internal volume relative to human parvoviruses. Cryo-EM structures at resolutions up to 2.1 Å revealed single-strand DNA (ssDNA) ordering at the capsid inner surface pinned by base-binding pockets in the capsid inner surface. Also, we demonstrated the prophylactic potential of non-pathogenic strains to provide cross-protection in vivo.
リンクCell / PubMed:39208798 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.0 - 3.4 Å
構造データ

41106

8t9c

EMDB-41106, PDB-8t9c:
Zophobas morio black wasting virus strain UT-morio virion structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

41108

8t9e

EMDB-41108, PDB-8t9e:
Zophobas morio black wasting virus strain UT-morio empty capsid structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

41125

8t9x

EMDB-41125, PDB-8t9x:
Zophobas morio black wasting virus strain NJ2-molitor virion structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

41131

8ta7

EMDB-41131, PDB-8ta7:
Zophobas morio black wasting virus strain OR-molitor empty capsid structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

41301

8tje

EMDB-41301, PDB-8tje:
Zophobas morio black wasting virus strain OR-molitor virion structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • zophobas morio (甲虫)
  • zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
  • tenebrio molitor (チャイロコメノゴミムシダマシ)
キーワードVIRUS/DNA / Capsid / Virion / Parvovirus / Densovirus / Invertebrate / Insect / Pathogen / ssDNA / VIRUS / VIRUS-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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