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タイトルCryo-EM structure of ACE2-SIT1 in complex with tiagabine.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 300, Issue 9, Page 107687, Year 2024
掲載日2024年8月17日
著者Angelika Bröer / Ziwei Hu / Jędrzej Kukułowicz / Aditya Yadav / Ting Zhang / Lu Dai / Marek Bajda / Renhong Yan / Stefan Bröer /
PubMed 要旨The pharmacology of amino acid transporters in the SLC6 family is poorly developed compared to that of the neurotransmitter transporters. To identify new inhibitors of the proline transporter SIT1 ...The pharmacology of amino acid transporters in the SLC6 family is poorly developed compared to that of the neurotransmitter transporters. To identify new inhibitors of the proline transporter SIT1 (SLC6A20), its expression in Xenopus laevis oocytes was optimized. Trafficking of SIT1 was augmented by co-expression of angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) in oocytes but there was no strict requirement for co-expression of ACE2. A pharmacophore-guided screen identified tiagabine as a potent non-competitive inhibitor of SIT1. To understand its binding mode, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of ACE2-SIT1 bound with tiagabine. The inhibitor binds close to the orthosteric proline binding site, but due to its size extends into the cytosolic vestibule. This causes the transporter to adopt an inward-open conformation, in which the intracellular gate is blocked. This study provides the first structural insight into inhibition of SIT1 and generates tools for a better understanding of the ACE2-SIT1 complex. These findings may have significance for SARS-CoV-2 binding to its receptor ACE2 in human lung alveolar cells where SIT1 and ACE2 are functionally expressed.
リンクJ Biol Chem / PubMed:39159813 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.34 - 3.8 Å
構造データ

37639

8wm3

EMDB-37639, PDB-8wm3:
Cryo-EM structure of ACE2-SIT1 complex with tiagabine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-37868: The focused map of ACE2-SIT1 bound with tiagabine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-TGI:
Tiagabine / チアガビン / 薬剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / Transporter / inhibitors / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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