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Structure paper

タイトルMechanistic basis for the translation inhibition of Cutibacterium acnes by Clindamycin.
ジャーナル・号・ページJ Invest Dermatol, Year 2024
掲載日2024年8月7日
著者Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Ayman Grada / Christopher G Bunick /
PubMed 要旨Inflammation and the Gram-positive anaerobic bacterium Cutibacterium acnes, which is implicated in acne pathogenesis and pilosebaceous unit inflammation, are the main targets of antibiotic-based ...Inflammation and the Gram-positive anaerobic bacterium Cutibacterium acnes, which is implicated in acne pathogenesis and pilosebaceous unit inflammation, are the main targets of antibiotic-based therapy against acne vulgaris (acne). The most widely used antibiotics in acne therapy are tetracyclines, macrolides, and lincosamides. Unfortunately, C. acnes bacteria over the past several decades have demonstrated increased resistance to these antibiotics, particularly to clindamycin. The precise knowledge of how antibiotics interact with their clinical target is needed to overcome this problem. Toward this goal, we determined the structure of clindamycin in complex with the ribosome of Cutibacterium acnes at 2.53 Å resolution using cryogenic electron microscopy. The galactose sugar moiety of clindamycin interacts with nucleotides of the 23S rRNA directly or through a conserved network of water-mediated interactions. Its propyl pyrrolidinyl group interacts with the 23S rRNA through van der Waals forces. Clindamycin binding to the Cutibacterium acnes ribosome interferes with both: proper orientation of the aminoacyl group of the A-site bound tRNA that is needed for peptide bond formation and with the extension of the nascent peptide. Our data are important for advancing understanding of antibiotic resistance and development of narrow- spectrum antibacterial drugs, which is an urgent need for contemporary antibiotic stewardship.
リンクJ Invest Dermatol / PubMed:39122144
手法EM (単粒子)
解像度2.53 Å
構造データ

45185

9c4g

EMDB-45185, PDB-9c4g:
Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with Clindamycin bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CLY:
CLINDAMYCIN / クリンダマイシン / 薬剤, 抗生剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • cutibacterium acnes (バクテリア)
キーワードANTIBIOTIC / ribosome / clindamycin / acne

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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