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タイトルRibosomal protein RPL39L is an efficiency factor in the cotranslational folding of a subset of proteins with alpha helical domains.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 52, Issue 15, Page 9028-9048, Year 2024
掲載日2024年8月27日
著者Arka Banerjee / Meric Ataman / Maciej Jerzy Smialek / Debdatto Mookherjee / Julius Rabl / Aleksei Mironov / Lea Mues / Ludovic Enkler / Mairene Coto-Llerena / Alexander Schmidt / Daniel Boehringer / Salvatore Piscuoglio / Anne Spang / Nitish Mittal / Mihaela Zavolan /
PubMed 要旨Increasingly many studies reveal how ribosome composition can be tuned to optimally translate the transcriptome of individual cell types. In this study, we investigated the expression pattern, ...Increasingly many studies reveal how ribosome composition can be tuned to optimally translate the transcriptome of individual cell types. In this study, we investigated the expression pattern, structure within the ribosome and effect on protein synthesis of the ribosomal protein paralog 39L (RPL39L). With a novel mass spectrometric approach we revealed the expression of RPL39L protein beyond mouse germ cells, in human pluripotent cells, cancer cell lines and tissue samples. We generated RPL39L knock-out mouse embryonic stem cell (mESC) lines and demonstrated that RPL39L impacts the dynamics of translation, to support the pluripotency and differentiation, spontaneous and along the germ cell lineage. Most differences in protein abundance between WT and RPL39L KO lines were explained by widespread autophagy. By CryoEM analysis of purified RPL39 and RPL39L-containing ribosomes we found that, unlike RPL39, RPL39L has two distinct conformations in the exposed segment of the nascent peptide exit tunnel, creating a distinct hydrophobic patch that has been predicted to support the efficient co-translational folding of alpha helices. Our study shows that ribosomal protein paralogs provide switchable modular components that can tune translation to the protein production needs of individual cell types.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:39041433 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.15 - 2.66 Å
構造データ

17549

8p8m

EMDB-17549, PDB-8p8m:
Yeast 60S ribosomal subunit, RPL39 deletion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

17550

8p8n

EMDB-17550, PDB-8p8n:
Mouse RPL39 integrated into the yeast 60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.15 Å

17552

8p8u

EMDB-17552, PDB-8p8u:
Yeast 60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.23 Å

17653

8pfr

EMDB-17653, PDB-8pfr:
Mouse RPL39L integrated into the yeast 60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.15 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードRIBOSOME / 60S ribosomal subunit / protein exit tunnel / RPL39 / RPL39L / ribosomal protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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