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タイトルThe versatile binding landscape of the TAAR1 pocket for LSD and other antipsychotic drug molecules.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 43, Issue 7, Page 114505, Year 2024
掲載日2024年7月23日
著者Kexin Jiang / You Zheng / Liting Zeng / Ling Wang / Fei Li / Jun Pu / Yingli Lu / Suwen Zhao / Fei Xu /
PubMed 要旨Increasing global concerns about psychoactive substance addiction and psychotic disorders highlight the need for comprehensive research into the structure-function relationship governing ligand ...Increasing global concerns about psychoactive substance addiction and psychotic disorders highlight the need for comprehensive research into the structure-function relationship governing ligand recognition between these substances and their receptors in the brain. Recent studies indicate the significant involvement of trace amine-associated receptor 1 (TAAR1) in the signaling regulation of the hallucinogen lysergic acid diethylamide (LSD) and other antipsychotic drugs. This study presents structures of the TAAR1-Gs protein complex recognizing LSD, which exhibits a polypharmacological profile, and the partial agonist RO5263397, which is a drug candidate for schizophrenia and addiction. Moreover, we elucidate the cross-species recognition and partial activation mechanism for TAAR1, which holds promising implications from a drug discovery perspective. Through mutagenesis, functional studies, and molecular dynamics (MD) simulations, we provide a comprehensive understanding of a versatile TAAR1 pocket in recognizing various ligands as well as in the ligand-free state, underpinning the structural basis of its high adaptability. These findings offer valuable insights for the design of antipsychotic drugs.
リンクCell Rep / PubMed:39002128
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.14 Å
構造データ

60417

8zsj

EMDB-60417, PDB-8zsj:
Cryo-EM structure of the apo hTAAR1-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

60423

8zsp

EMDB-60423, PDB-8zsp:
Cryo-EM structure of the LSD-bound hTAAR1-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

60426

8zss

EMDB-60426, PDB-8zss:
Cryo-EM structure of the RO5263397-bound hTAAR1-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

60427

8zsv

EMDB-60427, PDB-8zsv:
Cryo-EM structure of the RO5263397-bound mTAAR1-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-7LD:
(8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide / LSD

PDB-1d8x:
CRYSTAL STRUCTURE OF DNA SHEARED TANDEM G A BASE PAIRS

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / TAAR1 / Cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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