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Structure paper

タイトルStructural basis of the Integrator complex assembly and association with transcription factors.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 84, Issue 13, Page 2542-22552.e5, Year 2024
掲載日2024年7月11日
著者Michal Razew / Angelique Fraudeau / Moritz M Pfleiderer / Romain Linares / Wojciech P Galej /
PubMed 要旨Integrator is a multi-subunit protein complex responsible for premature transcription termination of coding and non-coding RNAs. This is achieved via two enzymatic activities, RNA endonuclease and ...Integrator is a multi-subunit protein complex responsible for premature transcription termination of coding and non-coding RNAs. This is achieved via two enzymatic activities, RNA endonuclease and protein phosphatase, acting on the promoter-proximally paused RNA polymerase Ⅱ (RNAPⅡ). Yet, it remains unclear how Integrator assembly and recruitment are regulated and what the functions of many of its core subunits are. Here, we report the structures of two human Integrator sub-complexes: INTS10/13/14/15 and INTS5/8/10/15, and an integrative model of the fully assembled Integrator bound to the RNAPⅡ paused elongating complex (PEC). An in silico protein-protein interaction screen of over 1,500 human transcription factors (TFs) identified ZNF655 as a direct interacting partner of INTS13 within the fully assembled Integrator. We propose a model wherein INTS13 acts as a platform for the recruitment of TFs that could modulate the stability of the Integrator's association at specific loci and regulate transcription attenuation of the target genes.
リンクMol Cell / PubMed:38823386
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 7.7 Å
構造データ

19851

9eoc

EMDB-19851, PDB-9eoc:
Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14 subunits
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

19853

9eof

EMDB-19853, PDB-9eof:
Structure of the human INTS5/8/10/15 subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

19871

9ep1

EMDB-19871, PDB-9ep1:
Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14/15 subunits (state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

19872

9ep4

EMDB-19872, PDB-9ep4:
Structure of Integrator subcomplex INTS5/8/15
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

50267

9fa4

EMDB-50267, PDB-9fa4:
Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

50268

9fa7

EMDB-50268, PDB-9fa7:
Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / Integrator complex assembly / RNA polymerase II transcription termination / transcription factors / Integrator complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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