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タイトルSecreted dengue virus NS1 from infection is predominantly dimeric and in complex with high-density lipoprotein.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 12, Year 2024
掲載日2024年5月24日
著者Bing Liang Alvin Chew / A N Qi Ngoh / Wint Wint Phoo / Kitti Wing Ki Chan / Zheng Ser / Nikhil K Tulsian / Shiao See Lim / Mei Jie Grace Weng / Satoru Watanabe / Milly M Choy / Jenny Low / Eng Eong Ooi / Christiane Ruedl / Radoslaw M Sobota / Subhash G Vasudevan / Dahai Luo /
PubMed 要旨Severe dengue infections are characterized by endothelial dysfunction shown to be associated with the secreted nonstructural protein 1 (sNS1), making it an attractive vaccine antigen and ...Severe dengue infections are characterized by endothelial dysfunction shown to be associated with the secreted nonstructural protein 1 (sNS1), making it an attractive vaccine antigen and biotherapeutic target. To uncover the biologically relevant structure of sNS1, we obtained infection-derived sNS1 (isNS1) from dengue virus (DENV)-infected Vero cells through immunoaffinity purification instead of recombinant sNS1 (rsNS1) overexpressed in insect or mammalian cell lines. We found that isNS1 appeared as an approximately 250 kDa complex of NS1 and ApoA1 and further determined the cryoEM structures of isNS1 and its complex with a monoclonal antibody/Fab. Indeed, we found that the major species of isNS1 is a complex of the NS1 dimer partially embedded in a high-density lipoprotein (HDL) particle. Crosslinking mass spectrometry studies confirmed that the isNS1 interacts with the major HDL component ApoA1 through interactions that map to the NS1 wing and hydrophobic domains. Furthermore, our studies demonstrated that the sNS1 in sera from DENV-infected mice and a human patient form a similar complex as isNS1. Our results report the molecular architecture of a biological form of sNS1, which may have implications for the molecular pathogenesis of dengue.
リンクElife / PubMed:38787378 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 3.8 Å
構造データ

EMDB-36480: CryoEM structure of isNS1 in complex with Fab56.2 and HDL
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-36483: CryoEM structure of isNS1 in complex with Fab56.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

由来
  • dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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