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タイトルEliciting a single amino acid change by vaccination generates antibody protection against group 1 and group 2 influenza A viruses.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 57, Issue 5, Page 1141-1159.e11, Year 2024
掲載日2024年5月14日
著者Rashmi Ray / Faez Amokrane Nait Mohamed / Daniel P Maurer / Jiachen Huang / Berk A Alpay / Larance Ronsard / Zhenfei Xie / Julianna Han / Monica Fernandez-Quintero / Quynh Anh Phan / Rebecca L Ursin / Mya Vu / Kathrin H Kirsch / Thavaleak Prum / Victoria C Rosado / Thalia Bracamonte-Moreno / Vintus Okonkwo / Julia Bals / Caitlin McCarthy / Usha Nair / Masaru Kanekiyo / Andrew B Ward / Aaron G Schmidt / Facundo D Batista / Daniel Lingwood /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the hemagglutinin (HA) stem of influenza A viruses (IAVs) tend to be effective against either group 1 or group 2 viral diversity. In rarer cases, ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the hemagglutinin (HA) stem of influenza A viruses (IAVs) tend to be effective against either group 1 or group 2 viral diversity. In rarer cases, intergroup protective bnAbs can be generated by human antibody paratopes that accommodate the conserved glycan differences between the group 1 and group 2 stems. We applied germline-engaging nanoparticle immunogens to elicit a class of cross-group bnAbs from physiological precursor frequency within a humanized mouse model. Cross-group protection depended on the presence of the human bnAb precursors within the B cell repertoire, and the vaccine-expanded antibodies enriched for an N55T substitution in the CDRH2 loop, a hallmark of the bnAb class. Structurally, this single mutation introduced a flexible fulcrum to accommodate glycosylation differences and could alone enable cross-group protection. Thus, broad IAV immunity can be expanded from the germline repertoire via minimal antigenic input and an exceptionally simple antibody development pathway.
リンクImmunity / PubMed:38670113 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.7 - 4.02 Å
構造データ

42528

8ut3

EMDB-42528, PDB-8ut3:
CryoEM structure of A/Perth/16/2009 H3 in complex with flu HA central stem VH1-18 antibody UCA6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

42529

8ut4

EMDB-42529, PDB-8ut4:
CryoEM structure of A/Michigan/45/2015 H1 in complex with flu HA central stem VH1-18 antibody 09-1B12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

42530

8ut5

EMDB-42530, PDB-8ut5:
CryoEM structure of A/Michigan/45/2015 H1 in complex with flu HA central stem VH1-18 antibody UCA6_N55T
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

42531

8ut6

EMDB-42531, PDB-8ut6:
CryoEM structure of A/Perth/16/2009 H3 in complex with polyclonal Fab from mice immunized with H3 stem nanoparticles-15 days post immunization
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

42532

8ut7

EMDB-42532, PDB-8ut7:
CryoEM structure of A/Perth/16/2009 H3 in complex with polyclonal Fab from mice immunized with H3 stem nanoparticles-28 days post immunization
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

42533

8ut8

EMDB-42533, PDB-8ut8:
CryoEM structure of A/Shanghai/1/2013 H7 in complex with polyclonal Fab from mice immunized with H7 stem nanoparticles-15 days post-immunization
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

42534

8ut9

EMDB-42534, PDB-8ut9:
CryoEM structure of A/Shanghai/1/2013 H7 in complex with polyclonal Fab from mice immunized with H7 stem nanoparticles-28 days post immunization
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-42535: CryoEM structure of A/Perth/16/2009 H3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-42536: CryoEM map of A/Shanghai/1/2013 H7 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

PDB-8uwa:
VH1-18 QxxV class antibody 09-1B12 bound to A/Perth/16/2009 H3N2 hemagglutinin
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.02 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • influenza a virus (a/perth/16/2009(h3n2)) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Flu Hemagglutinin / Central stem epitope / VH1-18 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / cryoEMPEM / antibody / stem / influenza / hemagglutinin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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