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タイトルMechanism of single-stranded DNA annealing by RAD52-RPA complex.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 629, Issue 8012, Page 697-703, Year 2024
掲載日2024年4月24日
著者Chih-Chao Liang / Luke A Greenhough / Laura Masino / Sarah Maslen / Ilirjana Bajrami / Marcel Tuppi / Mark Skehel / Ian A Taylor / Stephen C West /
PubMed 要旨RAD52 is important for the repair of DNA double-stranded breaks, mitotic DNA synthesis and alternative telomere length maintenance. Central to these functions, RAD52 promotes the annealing of ...RAD52 is important for the repair of DNA double-stranded breaks, mitotic DNA synthesis and alternative telomere length maintenance. Central to these functions, RAD52 promotes the annealing of complementary single-stranded DNA (ssDNA) and provides an alternative to BRCA2/RAD51-dependent homologous recombination repair. Inactivation of RAD52 in homologous-recombination-deficient BRCA1- or BRCA2-defective cells is synthetically lethal, and aberrant expression of RAD52 is associated with poor cancer prognosis. As a consequence, RAD52 is an attractive therapeutic target against homologous-recombination-deficient breast, ovarian and prostate cancers. Here we describe the structure of RAD52 and define the mechanism of annealing. As reported previously, RAD52 forms undecameric (11-subunit) ring structures, but these rings do not represent the active form of the enzyme. Instead, cryo-electron microscopy and biochemical analyses revealed that ssDNA annealing is driven by RAD52 open rings in association with replication protein-A (RPA). Atomic models of the RAD52-ssDNA complex show that ssDNA sits in a positively charged channel around the ring. Annealing is driven by the RAD52 N-terminal domains, whereas the C-terminal regions modulate the open-ring conformation and RPA interaction. RPA associates with RAD52 at the site of ring opening with critical interactions occurring between the RPA-interacting domain of RAD52 and the winged helix domain of RPA2. Our studies provide structural snapshots throughout the annealing process and define the molecular mechanism of ssDNA annealing by the RAD52-RPA complex.
リンクNature / PubMed:38658755 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.2 Å
構造データ

19189

8ril

EMDB-19189: Human RAD52 closed ring
PDB-8ril: Human RAD52 closed ring conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

19193

8rj3

EMDB-19193, PDB-8rj3:
Human RAD52 open ring conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

19253

8rjw

EMDB-19253, PDB-8rjw:
Human RAD52 open ring - ssDNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

19255

8rk2

EMDB-19255, PDB-8rk2:
Human Replication protein A (RPA; trimeric core) - ssDNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ssDNA binding protein / DNA damage repair / Single-strand annealing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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