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タイトル generated antibodies guide thermostable ADDomer nanoparticle design for nasal vaccination and passive immunization against SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページAntib Ther, Vol. 6, Issue 4, Page 277-297, Year 2023
掲載日2023年10月17日
著者Dora Buzas / Adrian H Bunzel / Oskar Staufer / Emily J Milodowski / Grace L Edmunds / Joshua C Bufton / Beatriz V Vidana Mateo / Sathish K N Yadav / Kapil Gupta / Charlotte Fletcher / Maia K Williamson / Alexandra Harrison / Ufuk Borucu / Julien Capin / Ore Francis / Georgia Balchin / Sophie Hall / Mirella V Vega / Fabien Durbesson / Srikanth Lingappa / Renaud Vincentelli / Joe Roe / Linda Wooldridge / Rachel Burt / Ross J L Anderson / Adrian J Mulholland / Bristol Uncover Group / Jonathan Hare / Mick Bailey / Andrew D Davidson / Adam Finn / David Morgan / Jamie Mann / Joachim Spatz / Frederic Garzoni / Christiane Schaffitzel / Imre Berger /
PubMed 要旨BACKGROUND: Due to COVID-19, pandemic preparedness emerges as a key imperative, necessitating new approaches to accelerate development of reagents against infectious pathogens.手法: Here, we ...BACKGROUND: Due to COVID-19, pandemic preparedness emerges as a key imperative, necessitating new approaches to accelerate development of reagents against infectious pathogens.
手法: Here, we developed an integrated approach combining synthetic, computational and structural methods with antibody selection and immunization to design, produce and validate nature-inspired nanoparticle-based reagents against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2).
RESULTS: Our approach resulted in two innovations: (i) a thermostable nasal vaccine called ADDoCoV, displaying multiple copies of a SARS-CoV-2 receptor binding motif derived epitope and (ii) a multivalent nanoparticle superbinder, called Gigabody, against SARS-CoV-2 including immune-evasive variants of concern (VOCs). generated neutralizing nanobodies and electron cryo-microscopy established authenticity and accessibility of epitopes displayed by ADDoCoV. Gigabody comprising multimerized nanobodies prevented SARS-CoV-2 virion attachment with picomolar EC. Vaccinating mice resulted in antibodies cross-reacting with VOCs including Delta and Omicron.
CONCLUSION: Our study elucidates Adenovirus-derived dodecamer (ADDomer)-based nanoparticles for use in active and passive immunization and provides a blueprint for crafting reagents to combat respiratory viral infections.
リンクAntib Ther / PubMed:38075238 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.36 - 4.06 Å
構造データ

EMDB-16512, PDB-8c9n:
MiniCoV-ADDomer, a SARS-CoV-2 epitope presenting viral like particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.36 Å

EMDB-16522: Structure of ADDoCoV-ADAH11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.06 Å

由来
  • human adenovirus b3 (ヒトアデノウイルス)
  • Lama glama (ラマ)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / ADDomer / VLP / Viral / like / Particle / AD3 / Penton / base / vaccine / COVID-19 / COVID / MINI-COVID / Dodecahedron / pb / protein / adenovirus / human

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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