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タイトルThe substrate and inhibitor binding mechanism of polyspecific transporter OAT1 revealed by high-resolution cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 11, Page 1794-1805, Year 2023
掲載日2023年10月16日
著者Tongyi Dou / Tengfei Lian / Shi Shu / Yi He / Jiansen Jiang /
PubMed 要旨Organic anion transporters (OATs) of the SLC22 family have crucial roles in the transport of organic anions, including metabolites and therapeutic drugs, and in transporter-mediated drug-drug ...Organic anion transporters (OATs) of the SLC22 family have crucial roles in the transport of organic anions, including metabolites and therapeutic drugs, and in transporter-mediated drug-drug interactions. In the kidneys, OATs facilitate the elimination of metabolic waste products and xenobiotics. However, their transport activities can lead to the accumulation of certain toxic compounds within cells, causing kidney damage. Moreover, OATs are important drug targets, because their inhibition modulates the elimination or retention of substrates linked to diseases. Despite extensive research on OATs, the molecular basis of their substrate and inhibitor binding remains poorly understood. Here we report the cryo-EM structures of rat OAT1 (also known as SLC22A6) and its complexes with para-aminohippuric acid and probenecid at 2.1, 2.8 and 2.9 Å resolution, respectively. Our findings reveal a highly conserved substrate binding mechanism for SLC22 transporters, wherein four aromatic residues form a cage to accommodate the polyspecific binding of diverse compounds.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:37845412
手法EM (単粒子)
解像度2.05 - 2.86 Å
構造データ

40352

8sdu

EMDB-40352, PDB-8sdu:
Structure of rat organic anion transporter 1 (OAT1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.05 Å

40354

8sdy

EMDB-40354, PDB-8sdy:
Structure of rat organic anion transporter 1 (OAT1) in complex with para-aminohippuric acid (PAH)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

40355

8sdz

EMDB-40355, PDB-8sdz:
Structure of rat organic anion transporter 1 (OAT1) in complex with probenecid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-40948: RELION reconstruction of rat organic anion transporter 1 (OAT1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.23 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ZWD:
N-(4-aminobenzoyl)glycine / p-アミノ馬尿酸

ChemComp-RTO:
4-(dipropylsulfamoyl)benzoic acid / プロベネシド

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / organic anion transporter / OAT / SLC22 / drug transporter / PAH / probenecid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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