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タイトルStructural mechanism of R2D2 and Loqs-PD synergistic modulation on DmDcr-2 oligomers.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 5228, Year 2023
掲載日2023年8月26日
著者Ting Deng / Shichen Su / Xun Yuan / Jinqiu He / Ying Huang / Jinbiao Ma / Jia Wang /
PubMed 要旨Small interference RNAs are the key components of RNA interference, a conserved RNA silencing or viral defense mechanism in many eukaryotes. In Drosophila melanogaster, Dicer-2 (DmDcr-2)-mediated ...Small interference RNAs are the key components of RNA interference, a conserved RNA silencing or viral defense mechanism in many eukaryotes. In Drosophila melanogaster, Dicer-2 (DmDcr-2)-mediated RNAi pathway plays important roles in defending against viral infections and protecting genome integrity. During the maturation of siRNAs, two cofactors can regulate DmDcr-2's functions: Loqs-PD that is required for dsRNA processing, and R2D2 that is essential for the subsequent loading of siRNAs into effector Ago2 to form RISC complexes. However, due to the lack of structural information, it is still unclear whether R2D2 and Loqs-PD affect the functions of DmDcr-2 simultaneously. Here we present several cryo-EM structures of DmDcr-2/R2D2/Loqs-PD complex bound to dsRNAs with various lengths by the Helicase domain. These structures revealed that R2D2 and Loqs-PD can bind to different regions of DmDcr-2 without interfering with each other. Furthermore, the cryo-EM results demonstrate that these complexes can form large oligomers and assemble into fibers. The formation and depolymerization of these oligomers are associated with ATP hydrolysis. These findings provide insights into the structural mechanism of DmDcr-2 and its cofactors during siRNA processing.
リンクNat Commun / PubMed:37633971 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 3.74 Å
構造データ

34707

8hf0

EMDB-34707, PDB-8hf0:
DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

34708

8hf1

EMDB-34708, PDB-8hf1:
DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 19bp-dsRNA in Trimer state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-34709: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Trimer state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Ribonuclease / DOUBLE STRANDED RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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