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Structure paper

タイトルStructural basis of λCII-dependent transcription activation.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 31, Issue 8, Page 968-974.e3, Year 2023
掲載日2023年8月3日
著者Minxing Zhao / Bo Gao / Aijia Wen / Yu Feng / Yuan-Qiang Lu /
PubMed 要旨The CII protein of bacteriophage λ activates transcription from the phage promoters P, P, and P by binding to two direct repeats that straddle the promoter -35 element. Although genetic, ...The CII protein of bacteriophage λ activates transcription from the phage promoters P, P, and P by binding to two direct repeats that straddle the promoter -35 element. Although genetic, biochemical, and structural studies have elucidated many aspects of λCII-mediated transcription activation, no precise structure of the transcription machinery in the process is available. Here, we report a 3.1-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of an intact λCII-dependent transcription activation complex (TAC-λCII), which comprises λCII, E. coli RNAP-σ holoenzyme, and the phage promoter P. The structure reveals the interactions between λCII and the direct repeats responsible for promoter specificity and the interactions between λCII and RNAP α subunit C-terminal domain responsible for transcription activation. We also determined a 3.4-Å cryo-EM structure of an RNAP-promoter open complex (RPo-P) from the same dataset. Structural comparison between TAC-λCII and RPo-P provides new insights into λCII-dependent transcription activation.
リンクStructure / PubMed:37269829
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.4 Å
構造データ

35438

8igr

EMDB-35438, PDB-8igr:
Cryo-EM structure of CII-dependent transcription activation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

35439

8igs

EMDB-35439, PDB-8igs:
Cryo-EM structure of RNAP-promoter open complex at lambda promoter PRE
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • escherichia phage lambda (λファージ)
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / transcription activation / bacteriophage / CII

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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