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タイトルStructural snapshots uncover a key phosphorylation motif in GPCRs driving β-arrestin activation.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 12, Page 2091-22107.e7, Year 2023
掲載日2023年6月15日
著者Jagannath Maharana / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Sayantan Saha / Vinay Singh / Shirsha Saha / Mohamed Chami / Ramanuj Banerjee / Arun K Shukla /
PubMed 要旨Agonist-induced GPCR phosphorylation is a key determinant for the binding and activation of β-arrestins (βarrs). However, it is not entirely clear how different GPCRs harboring divergent ...Agonist-induced GPCR phosphorylation is a key determinant for the binding and activation of β-arrestins (βarrs). However, it is not entirely clear how different GPCRs harboring divergent phosphorylation patterns impart converging active conformation on βarrs leading to broadly conserved functional responses such as desensitization, endocytosis, and signaling. Here, we present multiple cryo-EM structures of activated βarrs in complex with distinct phosphorylation patterns derived from the carboxyl terminus of different GPCRs. These structures help identify a P-X-P-P type phosphorylation motif in GPCRs that interacts with a spatially organized K-K-R-R-K-K sequence in the N-domain of βarrs. Sequence analysis of the human GPCRome reveals the presence of this phosphorylation pattern in a large number of receptors, and its contribution in βarr activation is demonstrated by targeted mutagenesis experiments combined with an intrabody-based conformational sensor. Taken together, our findings provide important structural insights into the ability of distinct GPCRs to activate βarrs through a significantly conserved mechanism.
リンクMol Cell / PubMed:37209686 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.26 - 4.8 Å
構造データ

34173

8go8

EMDB-34173, PDB-8go8:
Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

34175

8goc

EMDB-34175, PDB-8goc:
Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human Vasopressin V2 receptor, V2R
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

34178

8goo

EMDB-34178, PDB-8goo:
Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

34188

8gp3

EMDB-34188, PDB-8gp3:
Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C-X-C chemokine receptor type 4, CXCR4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

35104

8i0n

EMDB-35104, PDB-8i0n:
Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1 (Local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

35106

8i0q

EMDB-35106, PDB-8i0q:
Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C-X-C chemokine receptor type 4, CXCR4 (Local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.45 Å

35114

8i0z

EMDB-35114, PDB-8i0z:
Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1 (Local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.33 Å

35115

8i10

EMDB-35115, PDB-8i10:
Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human Vasopressin V2 receptor, V2R (Local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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