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Structure paper

タイトルThe translating bacterial ribosome at 1.55 Å resolution generated by cryo-EM imaging services.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1095, Year 2023
掲載日2023年2月25日
著者Simon A Fromm / Kate M O'Connor / Michael Purdy / Pramod R Bhatt / Gary Loughran / John F Atkins / Ahmad Jomaa / Simone Mattei /
PubMed 要旨Our understanding of protein synthesis has been conceptualised around the structure and function of the bacterial ribosome. This complex macromolecular machine is the target of important ...Our understanding of protein synthesis has been conceptualised around the structure and function of the bacterial ribosome. This complex macromolecular machine is the target of important antimicrobial drugs, an integral line of defence against infectious diseases. Here, we describe how open access to cryo-electron microscopy facilities combined with bespoke user support enabled structural determination of the translating ribosome from Escherichia coli at 1.55 Å resolution. The obtained structures allow for direct determination of the rRNA sequence to identify ribosome polymorphism sites in the E. coli strain used in this study and enable interpretation of the ribosomal active and peripheral sites at unprecedented resolution. This includes scarcely populated chimeric hybrid states of the ribosome engaged in several tRNA translocation steps resolved at ~2 Å resolution. The current map not only improves our understanding of protein synthesis but also allows for more precise structure-based drug design of antibiotics to tackle rising bacterial resistance.
リンクNat Commun / PubMed:36841832 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.55 - 2.2 Å
構造データ

15793

8b0x

EMDB-15793, PDB-8b0x:
Translating 70S ribosome in the unrotated state (P and E, tRNAs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.55 Å

EMDB-15794: Translating 70S ribosome in the rotated state (A/A and P/E tRNAs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-15795: Translating 70S ribosome in the rotated state (A/P and P/E tRNAs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-15796: Translating 70S ribosome in the unrotated state (A and P tRNAs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-15797: Translating 70S ribosome in the unrotated state (A,P and E tRNAs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.67 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • escherichia coli b (大腸菌)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 70S / bacterial (細菌) / translation (翻訳 (生物学)) / high-resolution (解像度)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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