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タイトルMolecular basis of RADAR anti-phage supramolecular assemblies.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 186, Issue 5, Page 999-1012.e20, Year 2023
掲載日2023年3月2日
著者Yina Gao / Xiu Luo / Peipei Li / Zhaolong Li / Feng Ye / Songqing Liu / Pu Gao /
PubMed 要旨Adenosine-to-inosine RNA editing has been proposed to be involved in a bacterial anti-phage defense system called RADAR. RADAR contains an adenosine triphosphatase (RdrA) and an adenosine deaminase ...Adenosine-to-inosine RNA editing has been proposed to be involved in a bacterial anti-phage defense system called RADAR. RADAR contains an adenosine triphosphatase (RdrA) and an adenosine deaminase (RdrB). Here, we report cryo-EM structures of RdrA, RdrB, and currently identified RdrA-RdrB complexes in the presence or absence of RNA and ATP. RdrB assembles into a dodecameric cage with catalytic pockets facing outward, while RdrA adopts both autoinhibited tetradecameric and activation-competent heptameric rings. Structural and functional data suggest a model in which RNA is loaded through the bottom section of the RdrA ring and translocated along its inner channel, a process likely coupled with ATP-binding status. Intriguingly, up to twelve RdrA rings can dock one RdrB cage with precise alignments between deaminase catalytic pockets and RNA-translocation channels, indicative of enzymatic coupling of RNA translocation and deamination. Our data uncover an interesting mechanism of enzymatic coupling and anti-phage defense through supramolecular assemblies.
リンクCell / PubMed:36764292
手法EM (単粒子)
解像度2.58 - 7.03 Å
構造データ

34962

8hr7

EMDB-34962, PDB-8hr7:
Structure of RdrA-RdrB complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

34963

8hr8

EMDB-34963, PDB-8hr8:
Structure of heptameric RdrA ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

34964

8hr9

EMDB-34964, PDB-8hr9:
Structure of tetradecameric RdrA ring
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

34965

8hra

EMDB-34965, PDB-8hra:
Structure of heptameric RdrA ring in RNA-loading state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

34966

8hrb

EMDB-34966, PDB-8hrb:
Structure of tetradecameric RdrA ring in RNA-loading state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

34967

8hrc

EMDB-34967, PDB-8hrc:
Structure of dodecameric RdrB cage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

EMDB-34969: Cryo-EM map of the RdrA-RdrB complex in 2:1 ratio
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.03 Å

EMDB-34970: Cryo-EM map of the RdrA-RdrB complex in 3:1 ratio
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.56 Å

EMDB-34971: Cryo-EM map of the RdrA-RdrB complex in 5:1 ratio
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.48 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cryoelectron microscopy / adenosine triphosphatase / adenosine deaminase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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