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タイトルRNA-triggered protein cleavage and cell growth arrest by the type III-E CRISPR nuclease-protease.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 378, Issue 6622, Page 882-889, Year 2022
掲載日2022年11月25日
著者Kazuki Kato / Sae Okazaki / Cian Schmitt-Ulms / Kaiyi Jiang / Wenyuan Zhou / Junichiro Ishikawa / Yukari Isayama / Shungo Adachi / Tomohiro Nishizawa / Kira S Makarova / Eugene V Koonin / Omar O Abudayyeh / Jonathan S Gootenberg / Hiroshi Nishimasu /
PubMed 要旨The type III-E CRISPR-Cas7-11 effector binds a CRISPR RNA (crRNA) and the putative protease Csx29 and catalyzes crRNA-guided RNA cleavage. We report cryo-electron microscopy structures of the Cas7-11- ...The type III-E CRISPR-Cas7-11 effector binds a CRISPR RNA (crRNA) and the putative protease Csx29 and catalyzes crRNA-guided RNA cleavage. We report cryo-electron microscopy structures of the Cas7-11-crRNA-Csx29 complex with and without target RNA (tgRNA), and demonstrate that tgRNA binding induces conformational changes in Csx29. Biochemical experiments revealed tgRNA-dependent cleavage of the accessory protein Csx30 by Csx29. Reconstitution of the system in bacteria showed that Csx30 cleavage yields toxic protein fragments that cause growth arrest, which is regulated by Csx31. Csx30 binds Csx31 and the associated sigma factor RpoE (RNA polymerase, extracytoplasmic E), suggesting that Csx30-mediated RpoE inhibition modulates the cellular response to infection. We engineered the Cas7-11-Csx29-Csx30 system for programmable RNA sensing in mammalian cells. Overall, the Cas7-11-Csx29 effector is an RNA-dependent nuclease-protease.
リンクScience / PubMed:36423304 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.49 - 2.84 Å
構造データ

33695

7y9x

EMDB-33695, PDB-7y9x:
Structure of the Cas7-11-Csx29-guide RNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

33696

7y9y

EMDB-33696, PDB-7y9y:
Structure of the Cas7-11-Csx29-guide RNA-target RNA (no PFS) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

34218

8gs2

EMDB-34218, PDB-8gs2:
Structure of the Cas7-11-Csx29-guide RNA-target RNA (non-matching PFS) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-C5P:
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

由来
  • desulfonema ishimotonii (バクテリア)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / RNase / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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